结论：员工已经受到公司警示并处罚后，年终奖再扣罚是否违规，需根据具体情况判断，包括公司的规章制度、劳动合同的约定以及扣罚的合理性等因素。
分析：
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 首先，要查看公司的规章制度以及员工与公司签订的劳动合同中，是否有关于年终奖发放及扣罚的具体规定。如果规章制度或劳动合同中明确规定了年终奖的发放条件、标准以及扣罚的情形，且员工的行为确实符合扣罚的条件，那么公司扣罚年终奖可能是合法的。
- 例如，如果规章制度中规定，员工因违反公司规定受到处罚的，将影响年终奖的发放，且该规定已经过民主程序制定并公示，那么公司依据此规定扣罚年终奖，员工难以主张违规。
扣罚的合理性：
- 即使公司规章制度或劳动合同中有关于年终奖扣罚的规定，也需要考虑扣罚的合理性。如果扣罚的金额过高，或者扣罚的原因与员工的行为不成比例，那么可能构成不合理的扣罚，员工有权提出异议。
- 例如，员工因轻微违纪受到警告，但公司却因此扣罚了员工全部的年终奖，这种扣罚可能被视为不合理，员工可以主张公司违规。
法律法规的遵循：
- 公司在制定规章制度和扣罚年终奖时，必须遵循相关的法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等。如果公司的规章制度或扣罚行为违反了法律法规的规定，那么员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 例如，如果公司以非法目的（如逼迫员工离职）为由扣罚年终奖，这种行为显然违反了法律法规，员工可以依法维权。
建议：
- 对于员工而言，如果认为公司扣罚年终奖的行为违规，可以先与公司进行沟通协商，了解扣罚的具体原因和依据。如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，在制定规章制度和扣罚年终奖时，应确保规章制度合法合规，扣罚行为合理有据，避免引发劳动纠纷。同时，公司也应加强与员工的沟通，解释扣罚的原因和依据，增进相互理解。
后续行动：
- 如果你作为员工遇到了此类问题，且对公司的扣罚行为有异议，建议收集相关证据（如公司规章制度、劳动合同、扣罚通知等），并向我咨询具体的维权策略。
- 如果你作为公司代表，需要制定或修改关于年终奖的规章制度，建议咨询专业律师，确保规章制度的合法性和合规性，避免潜在的法律风险。