公司扣留劳动合同的行为违法，劳动者有权要求公司返还并可采取进一步措施维护自身权益。具体分析如下：
公司扣留劳动合同的违法性
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十六条、第八十一条规定，劳动合同由用人单位与劳动者协商一致后签署，用人单位和劳动者各执一份。公司扣留劳动合同的行为直接违反了该条款，劳动者有权要求公司立即返还其持有的劳动合同文本。若公司拒绝返还，劳动者可向劳动监察部门投诉，劳动行政部门将责令公司改正；若因此给劳动者造成损害（如无法证明劳动关系、影响社保权益等），公司还需承担赔偿责任。
劳动者可采取的维权措施
- 协商与投诉：首先可与公司协商要求返还合同；若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（需提供劳动关系证明如工资条、工牌等），劳动部门将介入调查并要求公司整改。
- 申请劳动仲裁：若扣留合同行为已影响劳动者权益（如未缴纳社保、拖欠工资等），劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司返还合同并赔偿损失。仲裁裁决具有法律效力，公司拒不履行可申请法院强制执行。
- 证据固定与诉讼：若劳动者因合同扣留无法证明劳动关系，可通过其他证据（如工作记录、同事证言、社保缴纳记录等）佐证，并直接向法院起诉公司，要求确认劳动关系并赔偿损失。
特殊情形下的处理建议
- 合同遗失或损毁：若公司声称合同已遗失或损毁，劳动者可要求公司重新签署并补签日期（需确保内容与原合同一致），或通过录音、聊天记录等证据证明公司曾扣留合同的事实。
- 未签署书面合同：若公司未与劳动者签署书面合同且扣留唯一文本，劳动者可依据《劳动合同法》第八十二条主张双倍工资差额（最长不超过11个月），同时要求公司补签合同。
行动建议：劳动者应首先明确要求公司返还合同，并保留书面或录音证据；若公司拒绝，可携带劳动关系证明材料（如工资流水、考勤记录等）向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。