制造业实行综合工时制在符合法律规定的情况下是合法的。以下是对这一问题的详细解析：
一、综合工时制的合法性及定义
综合工时制，全称为综合计算工时工作制，是一种特殊的工时制度。它基于标准工作时间，以一定周期（如周、月、季、年）为单位，综合计算劳动者的工作时间。这种制度允许在周期内灵活调配工作时间，但平均工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。根据《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》等相关法规，对于因生产特点不能实行标准工时制度的行业或岗位，如制造业中某些需连续作业或受季节和自然条件限制的岗位，可以实行综合计算工时工作制。
二、制造业实行综合工时制的条件
实体条件：
- 制造业企业必须属于特定的行业或具有特殊的工作性质，如需连续作业或受季节和自然条件限制。例如，某些制造业岗位可能因生产流程连续性要求，需要员工在特定时间段内连续工作，而其他时间段则相对空闲。
程序条件：
- 制造业企业实行综合计算工时工作制前，必须报经当地区县级以上劳动保障行政部门批准。申请时需提交包括企业基本情况、实行综合计算工时工作制的工种及人员范围、工作和休息安排等内容的材料。未经审批擅自实行的，将视为违法行为。
三、综合工时制下的权益保障
工作时间限制：
- 虽然综合计算工时工作制允许在一定周期内灵活安排工作时间，但劳动者的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。即在一个综合计算周期内，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。例如，以月为周期计算，一个月法定标准工作时间是167.4小时（按每周40小时，每月4.175周计算，但实际操作中可能因月份天数不同而有所调整，此处为简化说明），只要总工作时长不超过这个数，某一天工作超过8小时也是允许的。
加班费支付：
- 若在某具体日（或周）的实际工作时间超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间未超过总法定标准工作时间，则不需支付加班费。然而，若超过总法定标准工作时间，应按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资；法定休假日安排劳动者工作的，则需按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
休息休假权利：
- 制造业企业应采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。合理安排员工的工作和休息时间，是保障员工身体健康和工作生活平衡的关键。
四、违法行为的法律责任
若制造业企业未经审批擅自实行综合工时制，或在实行过程中违反工作时间限制、不依法支付加班费等规定，将面临法律风险和被处罚的可能。劳动者在合法权益受到侵害时，应及时向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
总结与建议：
制造业在符合法律规定的情况下实行综合工时制是合法的，且有助于适应制造业中某些岗位的特殊工作需求。然而，企业在实行过程中必须严格遵守相关法规和规定，确保员工的权益得到充分保障。同时，员工也应了解自己的权益和义务，以便在必要时寻求法律援助。如果您在制造业综合工时制方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。