将标准工时改为综合工时制，在符合法律规定并经过相应程序的情况下，是合法的。以下是对这一问题的详细解答：
一、综合工时制的合法性及定义
综合计算工时工作制，简称综合工时制，是基于标准工作时间，以一定周期（如周、月、季、年）为单位，综合计算工作时间的工时制度。根据相关法律法规，对于因生产特点不能实行标准工时制度的行业或岗位，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等需连续作业的职工，以及地质勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业部分职工，可以实行综合计算工时工作制。这一制度旨在适应特定行业的工作特性，确保生产和工作的顺利进行。
二、实行综合工时制的条件
实体条件：
- 企业必须属于特定的行业或具有特殊的工作性质，这些行业或岗位因生产特点无法实行标准工时制度。
程序条件：
- 企业实行综合计算工时工作制前，必须经过职工代表大会或全体职工的深入探讨，并在公平、公正地与工会或职工代表协商达成共识之后作出决定。
- 同时，需遵循国家针对特殊工时制度的审批规定，向主管劳动的有关部门递交申请许可，并将此项决定向劳动者公布明确。未经审批擅自实行的，将视为违法行为。
三、劳动者权益保障
工作时间限制：
- 虽然综合计算工时工作制允许在一定周期内灵活安排工作时间，但劳动者的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。即在一个综合计算周期内，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
加班费支付：
- 若在某具体日（或周）的实际工作时间超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间未超过总法定标准工作时间，则不需支付加班费。
- 若超过总法定标准工作时间，应按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资；法定休假日安排劳动者工作的，则需按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
休息休假权利：
- 企业应采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
四、劳动者的选择权
- 如劳动者对工时制度的调整持有异议且不愿意接受新的工时制度，他们有权请求企业继续执行已签订的劳动合同约定。
五、违法行为的法律责任
- 若企业未经审批擅自实行综合工时制，或在实行过程中违反工作时间限制、不依法支付加班费等规定，将面临法律风险和被处罚的可能。
- 劳动者在合法权益受到侵害时，应及时向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
综上所述，将标准工时改为综合工时制在符合法律规定并经过相应程序的情况下是合法的。然而，企业在实行过程中必须严格遵守相关法规和规定，确保员工的权益得到充分保障。同时，员工也应了解自己的权益和义务，以便在必要时寻求法律援助。