协议书中可以规定上下班交通安全由乙方自行承担，但这一条款的效力及适用性需结合具体情况分析。以下是对此问题的详细解答：

一、条款的合法性基础

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同内容。因此，从原则上讲，协议书中可以约定上下班交通安全由乙方自行承担。

2. 特定情形下的限制：然而，这一条款的效力并非绝对。如果乙方在上下班途中发生交通事故，且该事故被认定为工伤（例如，因非本人主要责任的交通事故导致），那么根据《工伤保险条例》的规定，乙方仍有权享受工伤保险待遇。此时，协议书中的相关条款可能因与法律法规相抵触而无效。

二、条款的适用性分析

1. 非工伤情形：在乙方上下班途中发生的交通事故，如果不构成工伤（例如，因乙方本人主要责任导致的交通事故），那么协议书中约定乙方自行承担交通安全的条款可能具有适用性。这意味着，乙方需要自行承担因事故造成的损失和责任。

2. 工伤情形：如前所述，如果事故被认定为工伤，那么乙方有权享受工伤保险待遇，包括医疗费用、伤残津贴等。此时，协议书中的相关条款可能无法完全免除乙方的责任，因为工伤保险制度的设计初衷就是为了保障劳动者在因工作原因受到伤害时能够获得必要的救助和补偿。

三、条款的潜在风险与建议

1. 潜在风险：

   • 条款无效风险：如果协议书中的条款与法律法规相抵触，那么该条款可能被认定为无效，无法起到预期的法律效果。
   • 道德风险：即使条款在法律上有效，但如果乙方因经济困难等原因无法承担事故损失，可能会引发道德风险和社会问题。

2. 建议：

   • 明确条款内容：在协议书中明确约定上下班交通安全的责任承担方式，并确保条款内容合法、合理、明确。
   • 考虑工伤保险：建议乙方在签订协议书前了解并考虑工伤保险的覆盖范围和待遇标准，以便在发生事故时能够获得必要的保障。
   • 寻求法律咨询：在签订协议书前，建议双方咨询专业律师，以确保条款的合法性和有效性，并避免潜在的法律风险。

四、实际案例参考

在实际操作中，类似条款的效力往往取决于具体案件的事实和法律规定。例如，如果乙方在上下班途中因违反交通规则导致事故发生，且该事故被认定为非工伤，那么协议书中的条款可能具有适用性。然而，如果事故被认定为工伤，或者乙方能够证明事故责任不完全在自己，那么条款的效力可能会受到质疑。

综上所述，协议书中可以规定上下班交通安全由乙方自行承担，但这一条款的效力及适用性需结合具体情况分析。在签订协议书前，建议双方充分了解相关法律法规和工伤保险制度，并咨询专业律师以确保条款的合法性和有效性。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。