结论前置：分公司业务由总公司开票并收款，在一定条件下是合法的，但需严格遵循相关法律法规及税务规定。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性前提
公司法规定：
- 分公司作为总公司的分支机构，若已依法设立并领取营业执照，则在总公司授权范围内可从事经营活动，包括收款和开票。这是分公司进行此类操作的基础法律前提。
- 若分公司仅为总公司的内设机构或办事处，无独立法人资格和经营许可，则不具备直接收款和开票的权利。
税法规定：
- 税收管理中要求发票的开具与实际的交易活动、款项支付等保持一致（即“三流合一”）。这意味着，分公司业务由总公司开票并收款，必须确保业务真实发生，且款项支付与发票开具相匹配。
- 总公司与分公司之间的收款和开票行为必须符合税务机关的管理要求，如进行必要的税务登记、领购和使用发票等。
二、具体操作要点
关于收款：
- 总公司应书面委托分公司代为收取款项，并明确委托收款的范围、期限等关键事项。这有助于确保收款行为的合法性和合规性。
- 分公司在收款时，应确保款项最终归属总公司，且收款行为在总公司授权范围内进行。这可以避免资金流转上的法律风险和税务风险。
关于开票：
- 增值税发票：若分公司与总公司位于同一县（市）且统一核算，分公司可以总公司名义开具发票。若分公司与总公司不在同一县（市），则分公司代总公司收款开票需符合相关增值税规定，双方应分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。同时，分公司开票需有真实的业务基础，并确保发票内容与实际业务相符。
- 其他发票：分公司开具其他类型发票（如普通发票）时，同样需基于真实发生的、与总公司相关的经济业务，并按照发票管理办法等规定进行开具和管理。
三、风险及注意事项
税务风险：
- 必须确保符合税务规定，避免被税务机关认定为虚开发票。虚开发票是严重的违法行为，可能面临税务行政处罚，情节严重的还可能涉及刑事犯罪。
- 应保留好相关业务合同、资金往来凭证、货物运输单据等资料，以证明业务的真实性。这些资料在税务检查或法律纠纷中可能起到关键作用。
法律文件完备性：
- 总公司与分公司之间的委托协议等法律文件应完备，明确双方权利义务。这有助于在出现法律纠纷时，明确各方的责任和义务。
- 在涉及第三方（如客户）时，应提供委托收款开票的相关证明文件，避免引起误解或不必要的法律纠纷。
四、实际操作建议
- 确保业务真实：分公司业务由总公司开票并收款，必须确保业务真实发生，且与合同、发票等凭证相匹配。这是避免法律风险和税务风险的关键。
- 完善内部管理：企业应建立健全的内部管理制度，确保收款和开票行为的真实性和合规性。这包括明确授权范围、加强财务监督、定期审计等。
- 咨询专业意见：由于涉及复杂的法律法规和税务规定，企业在实施前应咨询专业的法律或税务顾问，对具体的业务模式、合同条款等进行详细的审查和评估。
总结：分公司业务由总公司开票并收款在一定条件下是合法的，但需严格遵循相关法律法规及税务规定。企业在实际操作中应谨慎行事，确保业务的真实性、发票的合规性以及税务处理的正确性，以规避潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。