结论：公司实行28天制工作制度时，休息的两天是否有工资，主要取决于这休息的两天是否属于法定节假日或公司依法安排的休息日，以及劳动合同或公司规章制度中的具体规定。
分析说明：
法定节假日休息：
- 如果这休息的两天中包含了法定节假日（如春节、国庆等），那么根据《劳动法》的规定，劳动者在法定节假日休息的，用人单位应当支付工资。这是劳动者的法定权益，不受工作制度（如28天制）的影响。
公司依法安排的休息日：
- 如果这休息的两天是公司依法安排的休息日（如周末），且该休息日并非通过调休等方式将工作日与休息日进行了置换，那么根据《劳动法》的相关规定，劳动者在休息日休息的，用人单位通常不需要支付额外的工资，除非劳动合同或公司规章制度中有特别约定。但在实际操作中，很多公司会采用月薪制，即无论当月实际工作天数多少，都支付固定的月薪，这种情况下，休息日也隐含在月薪之中。
- 如果公司通过调休等方式，将原本的工作日与休息日进行了置换，且这种置换是合法的（如符合《劳动法》关于工作时间和休息休假的规定），那么劳动者在置换后的休息日休息的，用人单位同样不需要支付额外的工资，除非劳动合同或公司规章制度中有特别约定。
劳动合同或公司规章制度的规定：
- 除了上述法定情况外，休息的两天是否有工资还取决于劳动合同或公司规章制度中的具体规定。如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了28天制工作制度下休息日的工资支付情况，那么应当按照这些规定来执行。
行动建议：
- 查看劳动合同和公司规章制度：首先，建议您仔细查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解其中关于工作时间、休息休假以及工资支付的具体规定。
- 与公司沟通：如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定，或者您对规定有疑问，建议您与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确休息日的工资支付情况。
- 寻求法律援助：如果您认为公司的做法违反了法律法规或劳动合同的规定，且无法与公司达成一致意见，您可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
法律背景：
- 根据《劳动法》的相关规定，劳动者在法定节假日和依法安排的休息日休息的，用人单位应当支付工资（法定节假日）或通常不需要支付额外工资（依法安排的休息日，除非劳动合同或公司规章制度中有特别约定）。
- 劳动合同和公司规章制度是劳动者和用人单位之间约定权利和义务的重要依据，应当明确、具体、合法。
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