在党员大会上表决非党员科级干部因抑郁症不能胜任岗位而免去其职务的决定，这一行为本身在程序和实体上均存在不合法之处。以下从几个方面进行详细分析：

1. 表决对象身份问题：

   • 党员大会是党内组织生活的重要形式，其表决事项通常应限于党内事务或涉及党员个人的事项。非党员科级干部并不属于党员大会的表决对象范围，因为其不具备党员身份。
   • 因此，在党员大会上表决非党员干部的职务任免，超出了党员大会的职权范围，程序上不合法。

2. 免职依据的合法性：

   • 免去干部职务应当基于明确的法律依据和合理的理由。抑郁症作为一种心理疾病，虽然可能影响工作能力，但并不能直接作为免职的法定理由。
   • 除非有明确的规章制度或法律法规规定，因抑郁症等心理疾病不能胜任岗位可以免职，且该规定本身不违反上位法（如《劳动法》、《公务员法》等）的原则和精神，否则免职决定可能缺乏合法性依据。

3. 程序正当性：

   • 即使存在免职的合法依据，也应当遵循正当的程序。这通常包括事先的调查、评估、告知、听证等环节，以确保决定的公正性和合理性。
   • 在党员大会上直接表决免除非党员干部的职务，可能缺乏这些必要的程序环节，从而损害了程序的正当性。

4. 可能的法律后果：

   • 如果免职决定被认定为不合法，被免职的干部有权依法维护自己的权益，包括申请复议、提起诉讼等。
   • 同时，相关责任人员也可能因违法决策而承担法律责任，如行政处分、民事赔偿等。

建议：

• 对于非党员干部的职务任免，应当遵循相应的组织人事程序和法律法规规定，确保决定的合法性和合理性。
• 如果确实存在因抑郁症等心理疾病不能胜任岗位的情况，应当通过合法的程序进行评估和调整，如安排适当的工作岗位、提供必要的医疗和心理支持等。
• 在处理此类问题时，建议咨询专业的法律或人力资源专家，以确保决策的合法性和有效性。

如有任何进一步的问题或需要具体的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的解答。