核心结论：开发票没有流水但有合同的情况下，发票的开具和税务处理需结合合同内容、业务实质及税法规定综合判断，可能存在两种处理路径：若合同已实际履行且符合税法要求，可正常开具发票；若合同未履行或存在风险，需谨慎处理并防范税务合规风险。以下分情况详细说明：

1. 合同已实际履行，业务真实发生

若合同已实际履行（如货物已交付、服务已完成），但因付款方式特殊（如分期付款、预付款未冲抵等）导致当前无对应流水，仍可依法开具发票。此时需注意：

• 税务合规性：根据《发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，应向付款方开具发票。即使未实际收款，只要业务已发生，即可开具发票（如赊销、分期收款等情形）。
• 证据留存：需保留合同、履约证明（如送货单、验收单、服务成果交付记录等）、沟通记录等材料，以证明业务真实性。若税务机关核查，这些材料是证明交易合法性的关键。
• 会计处理：开具发票后，需按权责发生制原则确认收入，即使未收到款项，也应做应收账款处理，避免账实不符。

2. 合同未实际履行或存在风险

若合同未履行（如对方违约未付款、合同被撤销等），或合同存在“虚开发票”风险（如无真实业务背景、仅以开具发票为目的签订合同），则需谨慎处理：

• 禁止虚开发票：根据《刑法》第二百零五条及《发票管理办法》第二十二条，为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，或让他人为自己开具此类发票，均构成虚开发票罪，轻则罚款，重则承担刑事责任。即使合同存在，若无真实业务支撑，开具发票属于违法行为。
• 合同解除或未履行的处理：若合同已解除或确定无法履行，应及时与对方沟通，协商作废已开具的发票（如已开具）或避免开具发票。若已开具且无法作废，需按税法规定做红字冲销处理，并留存合同解除协议、沟通记录等证明材料。
• 风险防范建议：签订合同前，建议对交易对方进行资信调查，避免与无履约能力的主体合作；合同中明确约定付款条件、发票开具时间及违约责任，降低后续纠纷风险。

3. 特殊情形：预付款或定金处理

若合同约定预付款或定金，但业务尚未履行，此时开具发票需区分情况：

• 预付款发票：若收到预付款时需开具发票，可开具“不征税”发票（如612编码），并在合同中明确约定预付款性质及后续业务履行要求。待业务实际发生后，再开具正式发票并冲抵预付款。
• 定金发票：定金通常不直接开具发票，可开具收据。若对方要求开具发票，需谨慎评估风险，避免被认定为“未发生经营业务开具发票”。

总结建议：开发票的核心是“业务真实性”，合同是证明业务的重要依据，但需结合履约情况综合判断。若业务真实发生，即使无流水也可依法开具；若业务未发生或存在风险，切勿违规开具。如有具体案例或疑问，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供更详细的法律分析。