结论：不建议两三年后再申请仲裁，因为劳动仲裁存在时效限制，超过时效可能会丧失胜诉权。

详细分析：

1. 劳动仲裁时效规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
   • 在您的情况下，如果公司要求元旦加班只给调休，而您认为这侵犯了您的合法权益（如未支付加班费或调休安排不合理等），那么您应当从知道或应当知道这一权利被侵害之日起一年内申请劳动仲裁。

2. 超过时效的后果：

   • 如果超过了一年的仲裁时效期间，您再申请劳动仲裁，仲裁委员会可能会不予受理，或者即使受理，您也可能因为超过时效而丧失胜诉权。
   • 这意味着，即使您的诉求是合理的，但由于超过了法律规定的时效期间，您可能无法获得法律上的支持。

3. 建议行动：

   • 如果您认为公司的行为侵犯了您的合法权益，建议您尽快收集相关证据（如加班记录、调休安排通知、工资单等），并在一年内申请劳动仲裁。
   • 在申请仲裁前，您也可以尝试与公司进行协商，看是否能够达成和解。如果协商无果，再考虑申请仲裁。
   • 如果您对仲裁流程或相关法律条款不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保障。

特殊情况说明：

• 如果存在不可抗力或其他正当理由导致您无法在一年内申请仲裁，您可以在障碍消除后的一年内申请仲裁，但需要提供相关证据证明存在不可抗力或其他正当理由。不过，这种情况较为特殊，且需要严格的证据支持。

总结与建议：

• 劳动仲裁存在时效限制，超过时效可能会丧失胜诉权。因此，建议您在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内申请劳动仲裁。
• 如果您对公司的行为有异议，建议尽快收集证据并咨询专业律师，以便及时维护自己的合法权益。

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