您好，针对您提出的“单位不给交医保，交的农村合作医疗是否合法”的问题，我可以明确地告诉您，这种做法是不合法的。

首先，根据《社会保险法》的相关规定，所有用人单位，包括私营企业、国有企业、集体企业等，都有为职工参加职工基本医疗保险的法定义务。这意味着，只要您与单位建立了劳动关系，单位就有责任为您缴纳职工基本医疗保险，这是不能通过任何约定或承诺来免除的。

其次，农村合作医疗，现在通常被称为城乡居民基本医疗保险，它主要适用于没有参加职工基本医疗保险的城乡居民。如果您已经与单位建立了劳动关系，那么您就不再属于城乡居民基本医疗保险的参保范围，而应该参加职工基本医疗保险。

再者，从保障权益的角度来看，职工基本医疗保险的保障范围和报销比例通常都要高于城乡居民基本医疗保险。如果单位只为您缴纳城乡居民基本医疗保险，而不缴纳职工基本医疗保险，那么在您生病或受伤时，您可能无法享受到足够的医疗保障，这将对您的个人权益造成损害。

此外，我还想提醒您，如果单位未依法为您缴纳社会保险费，包括职工基本医疗保险，您有权根据《劳动合同法》的相关规定，请求解除劳动合同，并要求单位支付经济补偿。这是法律赋予您的权利，您应该积极维护自己的合法权益。

最后，我建议您与单位进行沟通，明确要求单位为您缴纳职工基本医疗保险。如果单位拒绝履行其法定义务，您可以向当地的社会保险费征收机构或劳动监察部门投诉，寻求法律帮助和保护。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。