结论前置：公司因您违规操作导致工伤而罚款1000元，这一行为是否合法，需分情况讨论。一般情况下，公司无权直接对员工进行罚款，该行为可能不合法；但如果公司规章制度合法且您确实存在违规行为，公司可能依据规章制度进行一定处理，但罚款金额和方式需符合法律规定。以下是对此问题的详细分析：

一、公司罚款权的法律限制

根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位并非行政机关，不具有行政处罚权，因此一般无权对员工进行罚款。罚款通常属于行政处罚的范畴，只能由法律、法规或者规章设定，并由行政机关依法行使。

二、公司规章制度与罚款

尽管公司无权直接罚款，但如果公司制定了合法的规章制度，并且这些规章制度中明确规定了员工违规操作的处理方式，包括可能的经济处罚（但需注意，这种“经济处罚”在法律上通常不被视为罚款，而是可能被视为违约金或损害赔偿等），且这些规章制度已经过民主程序制定、公示或告知员工，那么公司可能依据这些规章制度对员工进行一定的处理。

然而，即使公司规章制度中有相关规定，也需满足以下条件才可能被视为合法：

1. 规章制度合法：规章制度的内容必须合法，不得违反法律、法规的强制性规定。
2. 民主程序制定：规章制度的制定必须经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论等。
3. 公示或告知：规章制度必须公示或告知员工，确保员工知晓并同意。
4. 罚款金额合理：即使规章制度中有经济处罚的规定，罚款金额也必须合理，不得过分高于实际损失或违规行为的严重程度。

三、违规操作与工伤赔偿

在您的情况下，违规操作导致了工伤。根据《工伤保险条例》，员工因工作原因受到事故伤害或患职业病，且经认定为工伤的，应享受工伤保险待遇。这意味着，无论您是否存在违规操作，只要被认定为工伤，您都有权获得相应的工伤保险赔偿。

但需注意：如果您的违规操作是故意或重大过失导致的，且公司规章制度中有相关规定，公司可能要求您承担一定的责任或损失。然而，这种责任或损失的承担通常是通过协商、调解或诉讼等方式解决，而不是直接由公司进行罚款。

四、建议与行动

1. 审查公司规章制度：首先，您应审查公司的规章制度，了解其中是否有关于违规操作的处理规定，以及这些规定是否合法、合理。
2. 与公司沟通：如果您认为公司的罚款行为不合法或不合理，您可以与公司进行沟通，表达您的观点和诉求。
3. 寻求法律援助：如果沟通无果，您可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解您的权利和义务，以及可能的法律途径和解决方案。

最后，每个具体情况都有其独特性，法律问题的解答往往需要综合考虑多种因素。如果您对此问题仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细、更专业的法律建议。