针对您提出的“公司员工违法操作公司规定罚款合法吗”这一问题，我们可以从多个角度进行详细分析。

首先，从法律法规层面来看：

在大多数情况下，公司直接对员工进行罚款是不合法的。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律，用人单位并没有直接对劳动者进行罚款的法定权利。罚款是行政处罚的一种，它只能由国家特定的行政机关依法实施，而企业并非行政机关，因此不具备罚款权。例如，如果公司仅仅因为员工上班迟到就直接处以罚款，这种行为在法律上是缺乏依据的。

然而，公司并非完全不能对违反规定的员工进行经济处罚。在一定条件下，公司可以依据合法有效的规章制度采取经济处罚措施。但这些规章制度必须经过民主程序制定，内容不违反法律法规的强制性规定，并且已经向劳动者公示或告知。同时，经济处罚应具有合理性，与员工的违规行为相对应，且罚款金额需在合理范围内，比如不超过当月工资的20%。

其次，从司法实践角度来看：

法院在判断公司处罚行为的合法性和合理性时，会综合考虑多种因素。如果公司的处罚行为明显不合理、不公正，或者对员工的权益造成了较大损害，法院可能会认定该处罚行为无效。

再者，关于特殊情况与处理措施：

虽然用人单位不能直接对员工进行罚款，但如果员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以根据劳动合同的约定要求其赔偿相应的经济损失。此外，合法的处罚方式还包括行政处分（如警告、记过等）、辞退以及除名等。这些处罚方式应遵循合法、合理和善意的原则。

最后，给您的建议：

公司在制定和执行规章制度时，应确保其内容的合法性和程序的正当性。对于员工的违规行为，公司应依法采取合适的处罚方式，避免采取违法的罚款措施。同时，公司应加强对员工的培训和教育，提高员工的纪律意识和法律意识，以维护公司的正常秩序和利益。

总结：

公司对员工罚款的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款权力，且公司规章制度制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。然而，在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失），公司有权要求员工赔偿损失，并从其工资中合理扣除。作为员工，在面对公司罚款时，应了解自己的合法权益，并采取适当措施进行维权。