结论：农民工工资5000元起诉到法院，在证据充分、事实清楚的情况下，一般是可以要回来的。但具体能否要回，还需根据案件的具体情况、证据的充分性以及法院的判决来综合判断。
分析说明：
法律基础：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，劳动者享有获得劳动报酬的权利，用人单位应当按时足额支付劳动者工资。若用人单位拖欠工资，劳动者有权通过法律途径追讨。
起诉条件：
- 农民工需要准备充分的证据来证明其与用人单位之间存在劳动关系，以及用人单位拖欠其工资的具体数额。这些证据可以包括劳动合同、工资条、考勤记录、工作证等。
- 农民工需要向法院提交起诉状，并按照法院的要求缴纳诉讼费用。
法院审理：
- 法院在受理案件后，会依法进行审理，并听取双方当事人的陈述和辩论。
- 若农民工提供的证据充分、事实清楚，且用人单位无法提供反驳证据或理由，法院一般会判决用人单位支付拖欠的工资。
执行阶段：
- 若用人单位在判决生效后仍不履行支付义务，农民工可以向法院申请强制执行。
- 法院会依法采取强制措施，如查封、扣押、拍卖等，以强制用人单位履行支付义务。
特殊情况说明：
- 证据不足：如果农民工提供的证据不足以证明其与用人单位之间存在劳动关系或拖欠工资的具体数额，法院可能无法支持其诉讼请求。
- 用人单位无力支付：如果用人单位确实无力支付工资，即使法院判决其支付，也可能面临执行困难的情况。此时，农民工可能需要考虑通过其他途径（如申请破产清算、参与分配等）来维护自己的权益。
- 诉讼时效：农民工在追讨工资时，还需要注意诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，农民工应在知道或应当知道其权利被侵害之日起三年内提起诉讼。
行动建议：
- 收集证据：农民工应尽快收集与用人单位之间存在劳动关系以及拖欠工资的具体数额的证据。
- 咨询律师：在起诉前，农民工可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和注意事项。
- 提起诉讼：在证据充分、事实清楚的情况下，农民工可以向法院提起诉讼，要求用人单位支付拖欠的工资。
后续思考依据：
- 农民工在追讨工资的过程中，应密切关注案件的进展情况，及时与法院和律师沟通。
- 若遇到执行困难或其他问题，农民工可以考虑通过申请法律援助、寻求社会救助等途径来维护自己的权益。
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