结论：拖欠农民工工资5000元，一般情况下不能直接向人民法院起诉，而应先经过劳动仲裁程序。但在特定情况下，如用人单位已出具工资欠条且双方无其他争议，农民工可直接向法院提起民事诉讼。

详细分析：

1. 一般劳动争议处理流程：

   • 劳动仲裁前置：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动仲裁是提起诉讼的必经程序。这意味着，在遭遇工资拖欠时，农民工应首先向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。只有对仲裁结果不服的，方可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。未经仲裁直接起诉的，法院通常不会受理。
   • 保留证据：在追讨工资的过程中，农民工应妥善保留相关证据，如劳动合同、考勤记录、工资条、聊天记录等。这些证据在仲裁或诉讼中至关重要，能够证明自己的权益。

2. 特殊情况下的直接起诉：

   • 工资欠条：如果用人单位给农民工出具了明确的工资欠条，并且双方就工资支付问题没有其他争议，那么农民工可以选择不经过劳动仲裁程序，直接以“追索劳动报酬纠纷”为案由向人民法院提起民事诉讼。这种情况下，法院将会依据民事诉讼法进行审理。

3. 其他解决途径：

   • 与用人单位协商：这是最直接且便捷的方式。农民工可以主动与用人单位沟通，要求其按时足额支付工资。如果用人单位能够理解并积极配合，往往能够迅速解决问题。
   • 向劳动监察部门投诉：农民工可以携带相关证据前往劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对雇主进行调查，并要求其限期支付工资。同时，劳动监察部门还可以对违规的雇主进行处罚，如加付赔偿金等。

4. 法律责任与赔偿：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条的规定，用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿。逾期不支付的，用人单位还需按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。这一规定为农民工提供了有力的法律保障。

建议与行动：

• 收集证据：首先，确保你手中有足够的证据来证明用人单位拖欠了你的工资，如工资条、欠条、劳动合同、考勤记录等。
• 尝试协商：在采取法律行动之前，可以尝试与用人单位进行协商，看是否能够达成和解并尽快支付工资。
• 申请劳动仲裁：如果协商无果，应尽快向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
• 考虑直接起诉：如果用人单位已经出具了工资欠条，并且双方没有其他争议，你可以考虑直接向人民法院提起民事诉讼。

在整个过程中，如果你遇到任何困难或不清楚如何操作，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。