结论：公司未经员工同意私自将纸质合同变为电子合同，这一行为可能涉及违法，员工有权采取相应措施维护自身权益。以下从多个角度进行分析：
一、合同变更的合法性分析
合同变更需双方协商一致：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的变更应当遵循平等、自愿、公平、诚实信用的原则，且变更内容需经双方协商一致。公司未经员工同意，私自变更合同形式（从纸质合同变为电子合同），违反了这一原则，因此，该变更行为在法律上可能被视为无效。
电子合同的法律效力：
- 电子合同与纸质合同具有同等的法律效力，但前提是双方均同意采用电子形式，并符合相关法律法规对电子合同成立、生效的规定。若公司未经员工同意，单方面将合同形式变更为电子形式，且未确保电子合同的合法性和有效性（如未采用可靠的电子签名、未留存完整的电子证据等），则该电子合同可能无法被法律认可。
二、员工权益保护措施
与公司沟通协商：
- 员工首先可以尝试与公司进行沟通协商，明确表达自己对合同变更的异议，并要求公司恢复原纸质合同或提供合法有效的电子合同。在协商过程中，员工可以保留好相关证据，如沟通记录、邮件往来等，以备后续维权之需。
向劳动监察部门投诉：
- 若公司拒绝协商或协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司进行调查，并要求公司纠正违法行为。在投诉时，员工需提供相关证据，如原纸质合同、公司变更合同的通知或邮件、沟通记录等。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若劳动监察部门无法解决问题，员工还可以选择申请劳动仲裁或提起诉讼。在劳动仲裁或诉讼过程中，员工需提供充分证据证明公司未经同意私自变更合同形式，并要求公司承担相应法律责任。根据具体情况，员工可能要求公司恢复原合同、赔偿损失或承担其他法律责任。
三、可能面临的法律后果
公司可能面临行政处罚：
- 若公司未经员工同意私自变更合同形式，且违反了相关法律法规的规定，劳动监察部门有权对公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
公司可能承担民事责任：
- 若因公司私自变更合同形式给员工造成损失的，公司还需承担民事赔偿责任。员工有权要求公司赔偿因合同变更而导致的直接经济损失和间接经济损失。
建议：作为员工，在面对公司私自变更合同形式的情况时，应保持冷静并采取合理措施维护自身权益。首先尝试与公司沟通协商，若无法解决问题则及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁/提起诉讼。同时，保留好相关证据以备后续维权之需。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。