针对您提出的“员工培训不合格罚款是否合法”的问题，以下是我的详细解答：
结论前置：员工培训不合格被罚款，这一行为通常是不合法的。公司或用人单位无权直接对员工因培训不合格而进行罚款，而应采取合法合规的方式来处理此类问题。
法律依据与分析
法律层面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位并没有对员工进行罚款的法定权力。罚款是行政处罚的一种，它只能由具备行政处罚权的行政机关来实施。企业，作为用人单位，并不具备这样的权力。
- 公司应当依法建立和完善劳动规章制度，以保障劳动者的合法权益。对员工进行罚款的行为，很可能侵犯了劳动者的合法权益，这与上述法律法规是相违背的。
企业规定层面：
- 合同约定：尽管劳动合同中可能会明确约定员工有义务参加特定培训，并规定了不参加或培训不合格的违约责任，但这种约定必须不违反法律法规的强制性规定才可能有效。重要的是要明确，罚款并不是一种合法的违约责任形式。
- 规章制度：企业制定的相关规章制度，必须符合法律规定的程序才能具有法律效力。这包括通过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），并与工会或职工代表平等协商确定，同时还需要向劳动者进行公示或告知。未经这些程序的规章制度，其罚款规定是不具有法律效力的。
培训性质层面：
- 法定培训：对于法律明确要求企业必须提供的培训（如安全生产培训），员工如果拒绝参加或培训不合格，可能会面临一定的后果。但即便如此，企业也不能直接对员工进行罚款，而应该按照法定程序来处理，如给予警告、解除劳动合同等。
- 非法定培训：对于非法律强制要求的培训，员工有权选择是否参加。企业不能以罚款的方式来强迫员工参加。
合法处理方式
- 依照劳动合同约定处理：在劳动合同中，可以明确约定员工参加培训的义务以及相应的后果（但必须合法合规）。
- 制定合法规章制度：确保规章制度经过民主程序制定并公示，明确员工参加培训的义务以及合理的后果（如调岗、解除劳动合同等，而非罚款）。
- 以奖代惩：可以设定奖金制度，激励员工自愿参加培训并努力提高培训效果。
员工权益保护
- 沟通协商：如果员工面临不合法的罚款，首先应该与公司进行沟通协商，表达自己的观点和诉求。
- 投诉与仲裁：如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 法律援助与诉讼：在严重情况下，员工还可以寻求法律援助，甚至提起诉讼。
特殊情况说明
- 即使公司的规章制度依法制定且已公示，员工培训不合格的行为构成严重违纪，公司也不能直接对员工进行罚款。公司应该遵循法律法规，采取合法合理的管理措施，如警告、调岗、解除劳动合同等。
综上所述，员工培训不合格被罚款通常是不合法的。公司应该尊重并保护员工的合法权益，依法处理员工培训不合格的问题。