核心结论：公司注销时与医疗期员工协商解除劳动关系，赔付需分情况讨论，主要依据医疗期是否结束以及双方协商结果来确定，具体如下：
- 医疗期未满，公司注销与员工协商解除
- 经济补偿：根据《劳动合同法》第四十六条，用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，若劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。
- 医疗补助费：依据原劳动部《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》（虽部分失效，但关于医疗补助费的规定仍有参考价值）以及一些地方性规定，对于患病或者非因工负伤，医疗期未满但劳动合同解除的，用人单位除支付经济补偿外，还应当给予劳动者不低于本人工资6个月的医疗补助费。患重病和绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的50%，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的100%。不过，具体是否支付以及支付标准可能因地方规定而有所不同，例如有些地方可能规定医疗期满后解除才支付医疗补助费，所以需要结合当地的具体政策来确定。
- 医疗期已满，公司注销与员工协商解除
- 经济补偿：同样按照《劳动合同法》第四十六条和第四十七条的规定，根据员工在本单位的工作年限支付经济补偿，计算方式与上述医疗期未满时一致。
- 医疗补助费：如果经劳动能力鉴定委员会鉴定，员工完全丧失劳动能力，用人单位除了支付经济补偿外，还应当按照国家有关规定向员工支付一次性伤残就业补助金等费用（若符合工伤认定等特殊情况）。若不属于工伤且地方规定医疗期满解除需支付医疗补助费的，用人单位也应按照规定支付。如果地方没有特别规定医疗期满解除需支付医疗补助费，且员工经鉴定不具备丧失劳动能力等特殊情形，那么用人单位可能只需支付经济补偿。
特殊提醒：公司注销属于法定终止劳动合同的情形之一，但如果在注销过程中与医疗期员工协商解除劳动关系，双方可以就赔付事宜进行充分协商，在遵循法律法规的基础上达成双方都认可的协议。如果协商不成，员工可能会通过劳动仲裁等途径维护自己的权益，所以公司应谨慎处理。
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