公司注销时，医疗期员工的赔偿需根据具体情况确定，核心结论如下：

1. 若公司依法注销且履行法定程序
   根据《劳动合同法》第四十四条、第四十六条，公司因解散、被依法宣告破产等情形终止劳动合同的，需向员工支付经济补偿金。医疗期员工属于被终止劳动合同的对象，补偿标准为：

   • 工作年限补偿：按员工在本单位工作年限，每满1年支付1个月工资（6个月以上不满1年按1年计算，不满6个月支付半个月工资）；
     
   • 医疗期特殊保护：若员工处于医疗期内，公司不得直接终止合同，需将医疗期满后依法终止。若公司未履行此程序直接注销，可能构成违法终止，需支付赔偿金（即经济补偿金的2倍）。
     

2. 若公司未依法注销或存在恶意逃避义务
   若公司未依法清算、未通知员工，或通过注销逃避医疗期员工赔偿义务的，员工可依据《公司法》第一百八十五条，要求公司股东、董事、控股股东等责任主体承担赔偿责任。此时赔偿范围包括：

   • 经济补偿金/赔偿金（同上）；
     
   • 医疗期工资：若公司未支付医疗期工资，员工可主张该部分损失；
     
   • 社保待遇损失：如因公司注销导致员工无法享受医保报销等，可要求赔偿。
     

3. 操作建议

   • 员工：保留劳动合同、工资记录、医疗证明等证据，及时向清算组申报债权；若公司未依法清算，可向法院申请强制清算或直接起诉责任主体。
     
   • 公司：注销前应依法清算，优先支付员工工资、经济补偿等费用；若医疗期员工未处理完毕，建议延期注销或协商解决。
     

提示：医疗期员工的赔偿涉及劳动法、公司法交叉领域，具体操作需结合公司注销程序、员工医疗期时长等因素综合判断。如有疑问，可直接向我咨询细节。