结论前置：铁路部门扣除车票20%的费用是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及退票手续费的规定以及合同条款的合法性。以下从不同角度进行分析：
一、退票手续费规定的合法性
铁路部门规定：
- 根据铁路部门的相关规定，退票时可能会收取一定比例的手续费，这一比例通常根据退票时间的不同而有所差异。例如，在发车前一定时间内退票，可能收取较低比例的手续费；而在发车前较短时间内或发车后退票，则可能收取较高比例的手续费，甚至可能扣除全部票款。
- 若铁路部门的规定中明确包含了扣除车票20%作为退票手续费的情况，并且该规定在退票时已向乘客明确告知，则铁路部门扣除20%的费用在规定层面是合法的。
法律法规依据：
- 退票手续费的规定通常属于铁路部门与乘客之间的合同条款的一部分。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，或者约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
- 只要退票手续费的规定不违反法律法规的强制性规定，不显失公平，且已向乘客明确告知，则该规定是有效的。
二、合同条款的合法性审查
告知义务：
- 铁路部门在售票时，有义务向乘客明确告知退票手续费的规定。如果铁路部门未履行告知义务，导致乘客在不知情的情况下购买了车票并后续因退票而产生额外费用，则乘客有权主张铁路部门承担相应责任。
- 若铁路部门未履行告知义务，扣除20%的费用可能因缺乏合法依据而被认定为不合法。
公平性审查：
- 退票手续费的规定应当公平合理，不得过分高于铁路部门因乘客退票而遭受的实际损失。如果扣除20%的费用明显高于铁路部门的实际损失，且没有合理的解释或依据，则该规定可能因显失公平而被认定为无效。
- 在判断扣除20%的费用是否合法时，需要考虑该费用是否与铁路部门的实际损失相匹配。
三、实际操作中的建议
查阅相关规定：
- 乘客在退票前，应当仔细查阅铁路部门的相关规定，了解退票手续费的具体比例和计算方法。
保留证据：
- 如果乘客认为铁路部门扣除的费用不合理或存在争议，应当保留好车票、退票凭证等相关证据，以便后续维权。
协商或投诉：
- 如果乘客与铁路部门就退票手续费的问题产生争议，可以尝试与铁路部门协商解决。如果协商无果，乘客可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
总结：铁路部门扣除车票20%的费用是否合法，需根据退票手续费的规定、合同条款的合法性以及实际操作中的具体情况来判断。如果铁路部门的规定合法、已履行告知义务且费用合理，则扣除20%的费用是合法的；反之，则可能因缺乏合法依据而被认定为不合法。乘客在退票前应当仔细查阅相关规定并保留好相关证据，以便在产生争议时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。