核心结论：在建设工程双方签订合同后，若施工单位未完成全部内容，结算方式需根据合同约定、实际完成情况、双方协商及法律规定等多方面因素综合确定，常见情况如下：
- 合同有明确约定
- 按约定结算：如果合同中对于施工单位未完成全部工程内容时的结算方式有明确、具体的约定，例如约定了按照已完成合格工程量乘以相应单价进行结算，或者约定了未完成部分扣除一定比例的款项等，那么双方应当按照合同约定执行。这是基于合同自愿原则，双方在签订合同时已经对可能出现的这种情况达成了共识，按照约定结算能够保障合同的严肃性和稳定性。
- 例外情况：但如果合同约定的结算方式存在显失公平、违反法律法规强制性规定等情形，例如约定施工单位即使只完成少量工程，发包方也要支付绝大部分工程款，这种约定可能会被认定为无效，此时就不能简单地按照该约定进行结算，而需要依据法律规定和实际情况重新确定结算方式。
- 合同无明确约定或约定不明
- 协商确定：在这种情况下，双方首先应当进行友好协商，根据施工单位实际完成的工程量、工程质量、工程进度等因素，共同确定一个合理的结算金额。协商过程中，双方可以参考类似工程项目的结算标准、市场行情等，以达成一个双方都能接受的结算方案。这种方式能够充分尊重双方的意愿，避免不必要的纠纷和诉讼成本。
- 依据实际完成工程量结算：如果协商不成，可以委托有资质的工程造价咨询机构对施工单位实际完成的工程量进行鉴定，然后根据鉴定结果和合同约定的计价方式（如定额计价、工程量清单计价等）进行结算。工程造价咨询机构具有专业的技术和经验，能够较为准确地确定实际完成的工程量，为结算提供客观、公正的依据。
- 考虑工程质量因素：在结算时，还需要考虑施工单位已完成工程的质量情况。如果已完成部分工程质量符合合同约定和国家相关标准，那么按照上述方式结算；如果工程质量存在问题，发包方有权要求施工单位进行修复，修复费用可以从结算款中扣除；如果质量问题严重，导致工程无法使用或者需要拆除重建，发包方不仅可以拒绝支付相应部分的工程款，还可以要求施工单位承担赔偿责任。
- 参考行业惯例和公平原则：在缺乏明确合同约定和双方协商不成的情况下，还可以参考建设工程行业的惯例和公平原则来确定结算方式。行业惯例是在长期的建设工程实践中形成的一种被广泛认可和遵循的做法，具有一定的合理性和权威性；公平原则则要求在结算过程中，双方的利益应当得到合理的平衡，不能使一方获得不合理的利益而另一方遭受损失。
温馨提示：建设工程结算问题往往涉及较大的金额和复杂的法律关系，如果双方在结算过程中出现争议且无法自行解决，建议及时寻求法律帮助，以维护自身的合法权益。如果你还有其他关于建设工程结算方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。