实际施工人与施工单位没有签订内部协议时，结算问题确实会比较复杂，但并非无法解决。以下是我根据相关法律法规和实际操作经验，为您提供的详细解答和建议：

结论前置

即使未签订书面协议，只要实际施工人完成了相应的、合格的工程量，就有权要求施工单位或建设方给予结算。结算时应遵循事实合同关系、行业惯例和证据材料来确定计价方式与标准，并核算工程量与价款。

详细解答

1. 确认事实合同关系：

   • 即使未签订书面合同，如果双方存在实际履行行为，如工程已开工或完成部分工作，可依据《中华人民共和国民法典》的相关规定认定成立事实合同关系。
   • 需通过证据链证明合同关系的存在与具体内容，包括施工记录、验收单据、往来函件等履约凭证，以及双方沟通记录中关于工程范围、价款、工期的表述。

2. 明确计价方式与标准：

   • 在缺乏书面约定时，需结合行业惯例和证据材料确定结算规则。
   • 优先采用双方实际执行的标准，若无法查明则参照政府指导价或市场价。
   • 如有报价文件，以投标书、预算表等作为单价依据；若无报价文件，参考同类工程市场价格或定额标准；在争议情形下，可申请专业机构进行造价鉴定。

3. 核算工程量与价款：

   • 工程量确认：通过现场勘查、监理日志、隐蔽工程验收记录核定已完工部分，根据施工图纸与实际进度对比计算未完工部分。
   • 价款计算：采用“已完成工程量×约定单价”公式；若单价不明，按市场价或政府指导价折算。

4. 处理质量保证金与扣款：

   • 质量保证金比例通常不超过工程价款的3%，具体依合同约定或行业规范执行。
   • 需扣除的款项包括因质量问题产生的修复费用（需提供检测报告）、甲方代垫的材料款（凭采购凭证核减）以及违约罚款（需符合法定程序）。

5. 协商达成补充协议：

   • 双方应就结算金额、支付时间、质保条款等形成书面协议，明确工程总价及明细构成、分期付款的时间节点以及争议解决方式。

6. 法律救济途径：

   • 协商不成时，可向工程所在地住建部门投诉，启动行政调解。
   • 准备诉讼时，需整理完整证据链，注意诉讼时效为三年。
   • 取得生效判决后，可申请法院查封对方财产以强制执行。

风险防范建议

• 建立项目台账，定期核对工程量。
• 重要事项采用书面形式确认，如签证单。
• 保留施工过程影像资料作为辅助证据。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您在实际操作中遇到任何具体问题或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。