结论前置：劳动仲裁书生效后公司履行付款义务，员工再起诉需分情况讨论，具体如下：

1. 若员工对仲裁结果无异议，仅因公司履行付款后反悔起诉
   根据《劳动争议调解仲裁法》第五十条，劳动仲裁裁决书自作出之日起即发生法律效力（终局裁决）或双方未在15日内起诉时生效（非终局裁决）。若公司已按生效裁决履行付款义务，员工无正当理由再次起诉（如重复主张同一诉求），法院将依据《民事诉讼法》第一百二十七条，以“重复起诉”为由裁定不予受理或驳回起诉。此时员工的行为缺乏法律依据，公司无需额外应对。

2. 若员工对仲裁结果部分内容不服，在法定期限内起诉
   若仲裁裁决涉及多项诉求（如工资、经济补偿、加班费等），员工可能仅对部分内容不满（如认为经济补偿计算错误）。根据《劳动争议调解仲裁法》第四十八条，员工可在收到裁决书15日内向法院提起诉讼，此时仲裁裁决不生效，案件进入诉讼程序。公司需注意：

   • 诉讼风险：法院可能重新审理全部争议事项，包括公司已履行的部分（如工资已支付，但经济补偿未达成一致）。若法院判决公司需额外支付，公司仍需履行；若判决减少支付，员工需退还多收款项。
     
   • 应对建议：公司应保留付款凭证（如转账记录、收条），并在诉讼中主张“已履行部分诉求”，要求法院仅审理未履行部分，以降低诉讼成本。

3. 若员工以新事实或理由起诉（如发现公司隐瞒收入）
   若员工在仲裁后发现公司存在未披露的证据（如未申报的加班记录、隐瞒的工资构成），可能以“新证据”为由提起诉讼。根据《民事诉讼法》第二百零七条，若新证据足以推翻原裁决，法院可能撤销原裁决并改判。公司需注意：

   • 证据审查：法院会严格审查新证据的“真实性、关联性、合法性”，若证据系员工故意隐瞒或逾期提交，可能不被采纳。
     
   • 应对建议：公司应提前整理工资发放记录、考勤表等证据，证明已按仲裁裁决履行义务，并主张员工未在仲裁阶段提出异议，降低被改判风险。

总结建议：公司履行付款义务后，若员工起诉，需先判断起诉是否在法定期限内、是否涉及新事实或理由。若属重复起诉，可要求法院驳回；若涉及新争议，需积极应诉并提交证据。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我会结合证据材料提供进一步分析。