企业发现职工犯罪但单位不知情时，单位应立即采取以下措施，核心结论如下：

1. 立即核实事实，固定证据
   单位需第一时间通过内部调查（如调取监控、询问在场人员、核查工作记录等）核实职工是否实施了犯罪行为，并留存书面、电子或视听证据。若涉及职务侵占、挪用资金等经济犯罪，需重点核查财务流水、合同文件等关键材料。
   法律依据：根据《刑事诉讼法》第50条，证据需满足客观性、关联性、合法性，单位自行收集的证据若符合条件，可在后续刑事程序中作为线索提交。

2. 区分犯罪类型，决定是否报案

   • 若犯罪与职务相关（如贪污、受贿、职务侵占）：单位必须向公安机关报案，否则可能因“不报案”承担管理责任（如《刑法》第310条窝藏包庇罪的间接风险）。
     
   • 若犯罪与职务无关（如职工在非工作时间实施盗窃、故意伤害）：单位无强制报案义务，但需评估是否影响企业声誉或内部安全，可酌情向公安机关提供线索。
     操作建议：报案时需提交《报案材料》（含职工信息、犯罪事实、证据清单），并配合警方调查。

3. 内部处理与合规审查

   • 依据规章制度处理：若职工行为违反单位《员工手册》或劳动合同（如“严重违反公司纪律”），单位可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
     
   • 审查管理漏洞：若犯罪暴露单位在财务审批、权限分配等环节存在漏洞，需立即整改并完善内控机制（如增设审批层级、加强岗位轮换），避免后续风险。
     案例参考：某企业因未对出纳岗位实施双人复核，导致职工挪用资金，法院认定企业存在管理过失，需对部分损失承担补充赔偿责任。

4. 防范连带风险

   • 民事赔偿风险：若职工犯罪行为导致第三方损失（如客户被骗），单位可能因“表见代理”（职工行为使第三方合理相信其有代理权）被判承担连带责任。单位需通过公告、通知等方式澄清事实，切断“表见代理”链条。
     
   • 行政处罚风险：若单位未履行安全生产、数据安全等法定义务（如职工利用职务之便泄露用户信息），可能被监管部门处罚。单位需自查是否符合《网络安全法》《数据安全法》等要求。

后续建议：单位可定期组织法律培训，明确“红线行为”（如收受回扣、虚报费用等），并建立匿名举报渠道，降低犯罪发生概率。若涉及复杂案件（如跨境犯罪、高管犯罪），建议同步咨询刑事律师，制定综合应对方案。

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我提问，我会结合案情提供针对性建议。