合同工住院期间，并不会被扣除全部工资。以下是对此问题的详细分析，旨在帮助您全面了解自己的合法权益：
一、结论前置
合同工在生病住院期间，根据相关法律法规及劳动合同约定，通常有权获得病假工资或疾病救济费，而非被扣除全部工资。具体数额和支付方式需依据劳动合同内容、国家或地方的相关规定来确定，但不得低于当地最低工资标准的80%。
二、法律依据与医疗期确定
法律依据：
- 根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付病假工资或疾病救济费。
- 这一规定明确了合同工在生病住院期间，企业有义务支付一定的工资或救济费，而非扣除全部工资。
医疗期确定：
- 医疗期长短与职工实际参加工作年限及在本单位工作年限相关，范围从三个月至二十四个月不等。
- 具体划分标准如下：实际工作年限十年以下的，本单位工作年限五年以下为三个月，五年以上为六个月；实际工作年限十年以上的，本单位工作年限五年以下为六个月，五年以上十年以下为九个月，以此类推。
- 医疗期的确定有助于明确合同工在住院期间应享受的工资待遇期限。
三、工资支付标准
劳动合同有约定：
- 企业应按照劳动合同的约定支付病假工资，但该约定的支付标准不得低于当地最低工资标准的80%。
- 这意味着，即使劳动合同中有关于病假工资的约定，也不能低于法定最低标准。
劳动合同无约定：
- 由企业按国家或地方相关规定支付病假工资或疾病救济费。
- 例如，某些地区如《广东省工资支付条例》就明确规定了支付标准，即使劳动合同中没有约定，企业也需按照这些规定支付。
四、特殊情况处理
工伤：
- 如果合同工是因工负伤住院，停工留薪期内原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况下可延长，但延长不得超过12个月。
- 在这种情况下，合同工不仅不会被扣除工资，反而会保持原有的工资福利待遇。
医疗期满不能从事原工作：
- 经医生或医疗机构认定患有难以治疗的疾病，且不能从事原工作或用人单位另行安排的工作的，应进行劳动能力鉴定。
- 根据鉴定结果，可能享受退休、退职待遇或继续保留劳动关系，并按照相关规定享受相应的工资待遇。
五、总结与建议
综上所述，合同工在生病住院期间是有权获得病假工资或疾病救济费的，而非被扣除全部工资。为确保自身权益，我建议您：
- 在签订劳动合同时，仔细审查相关条款，特别是关于病假工资或疾病救济费的约定。
- 了解国家或地方的相关法律法规，以便在需要时能够维护自己的合法权益。
- 如遇争议或疑问，及时向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。
希望以上分析能够帮助您全面了解合同工住院期间的工资待遇问题。如果您有任何其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。