生病住院期间辞职，一般不会直接导致工资被扣，但具体情况需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、劳动合同与规章制度
劳动合同约定：首先，应查看劳动合同中是否有关于辞职时工资处理的条款。如果合同中明确规定了辞职时工资的支付方式和时间，且该规定不违反法律法规，那么应按照合同约定执行。
公司规章制度：其次，公司内部的规章制度也可能对辞职时工资的处理有规定。如果规章制度合法且已向员工公示，那么员工在辞职时也应遵守这些规定。但需要注意的是，公司规章制度不能违反法律法规的强制性规定。
二、相关法律法规
工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，在生病住院期间辞职，员工有权要求用人单位按照合同约定支付工资。
病假工资与医疗期：如果员工在生病住院期间处于医疗期内，且根据相关规定享有病假工资，那么用人单位在员工辞职时也应支付相应的病假工资。医疗期的长度和病假工资的支付标准通常根据员工的工龄、病情以及公司规章制度等因素来确定。
经济补偿与赔偿：如果员工因生病住院而无法继续工作，且符合相关法律法规规定的经济补偿或赔偿条件（如因工致残、患职业病等），那么在辞职时，员工还有权要求用人单位支付相应的经济补偿或赔偿。
三、实际操作建议
与用人单位协商：在辞职前，建议与用人单位进行沟通，了解公司对于辞职时工资处理的具体规定和流程。如果双方能够达成一致意见，那么可以按照协商结果执行。
保留相关证据：在生病住院期间，应保留好相关的医疗证明、病假条等证据材料。这些证据材料在辞职时可能用于证明员工的病假情况和工资支付依据。
寻求法律援助：如果与用人单位在工资支付问题上存在争议，且无法通过协商解决，那么可以寻求法律援助或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
四、特殊情况说明
如果员工未按照公司规定办理辞职手续：如未提前通知、未交接工作等，那么用人单位可能会根据规章制度扣除部分工资作为违约金或赔偿金。但这种情况下的扣除应合理且符合法律法规的规定。
如果员工存在过错导致辞职：如严重违反公司规章制度、给公司造成重大损失等，那么用人单位在辞职时可能会扣除部分或全部工资作为赔偿。但这种情况下的扣除同样应合理且符合法律法规的规定。