工厂员工生病了，工资是否会被扣除，这主要取决于员工的疾病类型以及工厂的相关规定和劳动合同的约定。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、职业病情况
若员工在工作过程中，因接触粉尘、放射性物质和其他有毒、有害因素而患上职业病，这明确属于工伤范畴。根据《工伤保险条例》及相关法律法规，员工依法享受相应的工伤保险待遇，其中包括停工留薪期工资。在停工留薪期内，员工的原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，如果员工因职业病需要停止工作接受治疗，工厂在停工留薪期内是不能扣除其工资的。
二、非职业病的普通疾病情况
对于非因工作原因导致的普通疾病，员工的权益保护主要依据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及劳动合同约定。
医疗期及工资待遇：
- 企业职工因患病或非因工负伤需停止工作医疗时，根据实际参加工作年限和本单位工作年限，可享受三个月到二十四个月的医疗期。
- 在医疗期内，工厂应支付病假工资或疾病救济费。这个费用可以低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。因此，在医疗期内，工厂通常不会全额扣除员工的工资，但可能会按照一定比例支付病假工资或疾病救济费。
解除劳动合同的经济补偿：
- 若员工患病或非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由工厂另行安排的工作，工厂在提前三十日以书面形式通知员工本人或额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同。
- 解除劳动合同时，工厂需向员工支付经济补偿。经济补偿按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。但这一经济补偿与员工生病期间的工资扣除无直接关系，而是解除劳动合同后的补偿。
社会保险责任：
- 如果工厂未依法为员工缴纳社会保险费，导致员工无法享受医疗保险待遇，那么员工因治疗疾病所产生的本应通过社保报销的费用，应由工厂承担。这虽然不直接涉及工资扣除问题，但体现了工厂在员工生病期间应承担的社会责任。
三、工厂规定与劳动合同约定
除了上述法律法规的规定外，工厂的具体规定和劳动合同的约定也是决定员工生病期间工资是否会被扣除的重要因素。如果工厂有明确的规章制度或劳动合同中约定了员工生病期间的工资支付方式，那么应按照这些规定或约定来执行。
建议：
- 员工在生病前或生病后，应仔细阅读工厂的规章制度和劳动合同，了解自己在生病期间的权益和待遇。
- 如果工厂违反了相关法律法规或劳动合同约定，扣除了员工应得的工资，员工可以与工厂进行协商，要求工厂补发工资。
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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