结论：针对您提出的“店是父母出钱投资的，不同意两个人在一起，要收回怎么办”的问题，这主要涉及到财产归属和父母意愿两个核心点。以下是从不同角度为您进行的分析和建议。
一、财产归属角度
店铺所有权归属：
- 如果店铺是父母全额出资，并且登记在父母名下，那么店铺的所有权无疑属于父母。父母有权根据自己的意愿处置店铺，包括收回。
- 如果店铺虽然由父母出资，但登记在您或您与伴侣的名下，那么情况就复杂一些。这可能涉及到赠与、借贷或共同投资等多种法律关系。在这种情况下，父母要收回店铺，可能需要通过法律途径，如协商、调解或诉讼，来明确店铺的归属和处置方式。
出资性质认定：
- 父母出资的性质（是赠与、借贷还是投资）对店铺的归属有重要影响。如果是赠与，且没有附加条件，那么父母一般无权随意收回；如果是借贷，父母有权要求偿还；如果是投资，则可能涉及利润分配和风险承担等问题。
二、父母意愿角度
父母反对的原因：
- 父母反对您与伴侣在一起，并可能因此要收回店铺，这背后可能有多种原因，如对您伴侣的不满、对店铺经营方式的担忧等。了解父母的具体原因，有助于您更好地与父母沟通，寻求解决方案。
沟通与协商：
- 面对父母的反对和可能的收回行为，首先应尝试与父母进行坦诚的沟通，了解他们的想法和担忧，并表达自己的立场和意愿。通过协商，看是否能够找到一个双方都能接受的解决方案，如父母继续支持店铺经营但提出一些条件，或者您与伴侣通过其他方式筹集资金购买店铺等。
法律途径：
- 如果沟通与协商无果，且您认为父母的收回行为侵犯了您的合法权益，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。这可能包括提起诉讼，要求确认店铺的归属、赔偿损失等。但需要注意的是，法律途径往往耗时较长，且结果具有不确定性，因此应谨慎选择。
三、综合建议
- 了解法律条款：在处理此类问题时，建议您先了解相关的法律条款和规定，以便更好地维护自己的权益。例如，了解赠与、借贷、投资等法律关系的定义和特征，以及父母与子女之间的财产关系等。
- 寻求专业帮助：如果您对法律问题不太熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助。律师可以根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和解决方案。
- 保持冷静与理性：在处理家庭纠纷时，保持冷静和理性至关重要。避免情绪化的决策和行为，以免加剧矛盾或造成不必要的损失。
四、可能后果
- 如果父母坚持收回店铺，并且您无法通过沟通与协商解决问题，那么最终可能面临店铺被收回、经济损失等后果。因此，建议您在处理此类问题时，充分考虑各种可能性和后果，并做好相应的准备。
如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的建议，请直接向我咨询。