如儿子确实参与共同经营，则应积极应诉，通过法院查明事实；如未参与共同经营，则应收集证据反驳对方主张。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 明确“共同经营”的法律定义及责任

1. 共同经营的定义：共同经营通常指两个或两个以上的人共同投资、共同管理、共享利润和共担风险的经营活动。在法律上，共同经营者对经营活动中产生的债务需承担连带责任。
2. 责任承担：如果儿子被认定为共同经营者，那么他可能需要对经营活动中产生的债务承担责任，包括被起诉的债务。

二. 分析儿子是否构成共同经营

1. 参与程度：需要考察儿子在父亲店里的实际参与程度，包括是否参与决策、管理、投资等。
2. 证据收集：如果儿子并未参与共同经营，应积极收集证据，如工资单、工作合同、职责说明等，以证明其只是员工而非共同经营者。

三. 应对起诉的策略

1. 积极应诉：如果儿子被起诉为共同经营者，应积极应诉，通过法院查明事实，维护自己的合法权益。
2. 反驳对方主张：如果儿子并未参与共同经营，应在诉讼过程中提出反驳，并提供相关证据支持自己的主张。
3. 寻求法律援助：如果儿子对法律程序不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保护。

四. 后续建议

1. 明确经营关系：为了避免类似的纠纷，建议父亲与儿子之间明确经营关系，如果是雇佣关系，应签订正式的劳动合同；如果是共同经营，应明确各自的权利和义务。
2. 规范经营管理：在经营过程中，应规范财务管理和记录，确保经营活动的透明性和合法性。

我建议，首先明确儿子在父亲店里的实际参与程度，并根据实际情况收集相关证据。如果确实被起诉，应积极应诉，并寻求专业律师的帮助。同时，为了避免类似的纠纷，建议明确经营关系并规范经营管理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。