结论前置：第三方发工资的情况下，您仍然有可能申请劳动仲裁获得赔偿，但关键在于能否证明您与用人单位之间存在劳动关系。
一、劳动关系是申请劳动仲裁的基础
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关法律法规，劳动仲裁是解决劳动争议的一种重要方式，其前提是争议双方存在劳动关系。因此，无论工资是由用人单位直接发放还是由第三方代发，只要您能证明与用人单位之间存在劳动关系，就可以申请劳动仲裁。
二、如何证明劳动关系
在第三方发工资的情况下，证明劳动关系可能相对复杂一些。但您可以通过以下方式收集证据来证明：
劳动合同：如果您与用人单位签订了劳动合同，这是最直接、最有效的证明劳动关系的证据。
工作证、工作服等：这些物品可以间接证明您与用人单位之间的劳动关系。
考勤记录、工作记录：如打卡记录、工作邮件、工作聊天记录等，这些记录可以反映您的工作情况，从而证明劳动关系。
工资条或转账记录：虽然工资是由第三方发放，但您可以尝试获取工资条或转账记录，并证明这些款项是用人单位支付给您的工资。这可能需要您与第三方或用人单位进行沟通，获取相关证据。
同事证言：如果可能的话，您可以寻找同事作为证人，证明您与用人单位之间的劳动关系。
三、申请劳动仲裁的流程
如果您能证明与用人单位之间存在劳动关系，并且认为用人单位的行为侵犯了您的合法权益（如未支付工资、未缴纳社会保险等），您可以按照以下流程申请劳动仲裁：
准备证据材料：包括上述提到的证明劳动关系的证据，以及证明用人单位侵权行为的证据。
提交仲裁申请：向用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
参加仲裁庭审：仲裁委员会会安排庭审，您需要按时参加，并在庭审中陈述事实、提供证据、进行辩论。
等待仲裁裁决：仲裁委员会会根据庭审情况作出裁决，裁决结果具有法律效力。
四、可能遇到的挑战及应对策略
在第三方发工资的情况下申请劳动仲裁，您可能会遇到一些挑战，如用人单位否认劳动关系、第三方不配合提供证据等。针对这些挑战，您可以采取以下策略：
加强证据收集：尽可能收集更多、更充分的证据来证明劳动关系和用人单位的侵权行为。
寻求法律援助：如果您在证据收集或仲裁过程中遇到困难，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以获取更专业的帮助。
保持冷静和理性：在仲裁过程中，保持冷静和理性，不要因情绪激动而做出不利于自己的行为或陈述。
最后，如果您在第三方发工资的情况下遇到劳动争议问题，并且认为自己的合法权益受到了侵犯，不要犹豫，直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。