代发工资的情况下，劳动者依然可以申请劳动仲裁。这一结论基于以下多角度的分析：

1. 代发工资不影响劳动关系本质：

   • 代发工资只是工资支付的一种方式，它并不改变劳动者与用人单位之间的劳动关系本质。无论工资是由用人单位直接支付，还是通过第三方代发，只要存在劳动关系，且劳动者认为其劳动权益受到侵害，就有权申请劳动仲裁。

2. 可申请劳动仲裁的具体情形：

   • 工资支付问题：即使工资是通过代发方式支付，如果劳动者发现实际支付的工资低于劳动合同约定的金额、当地最低工资标准，或者加班工资、绩效奖金、提成等未足额支付，都可以就差额部分申请仲裁。
   • 其他劳动权益纠纷：除了工资支付问题，劳动者还可以就其他劳动权益纠纷申请仲裁，如劳动关系确认、合同变更与解除、休息休假与社会保险、工伤待遇等。

3. 申请劳动仲裁的注意事项：

   • 仲裁时效：劳动者应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内申请仲裁，超过时效可能面临败诉风险。
   • 证据收集：劳动者应充分收集并整理相关证据材料，如劳动合同、工资条（即使代发，也应有相关记录）、银行流水记录（显示代发工资的入账情况）、考勤记录、加班通知等，以证明自己的主张。
   • 提交申请书：按照相关规定填写并提交劳动仲裁申请书，详细阐述争议事实、请求事项及理由，并附上相关证据材料。

4. 实际案例与法律支持：

   • 在实际案例中，即使工资是通过代发方式支付，劳动者也成功申请了劳动仲裁并维护了自己的合法权益。这得益于劳动法律法规对劳动者权益的全面保护，以及劳动仲裁机构对劳动争议的公正裁决。

举例说明： 假设劳动者小张与用人单位签订了劳动合同，约定每月工资为5000元。但实际上，用人单位通过第三方代发工资，且每月只支付了4000元。小张在发现这一问题后，可以收集劳动合同、银行流水记录等证据材料，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付剩余的1000元工资及可能的赔偿金。

总结与建议： 代发工资并不影响劳动者申请劳动仲裁的权利。只要劳动者认为其劳动权益受到侵害，且符合申请劳动仲裁的条件和时效要求，就可以向劳动争议仲裁委员会提出申请。在申请过程中，劳动者应充分收集证据材料，并按照规定提交申请书和相关证据。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。