结论：大学生去公司实习，纸质载体盖了公章但法人让主任签字，这一行为是否合法，需结合具体情况分析，若主任的签字行为得到了法人的明确授权，且该授权在法律允许的范围内，则主任的签字是合法的；若未得到明确授权或授权超出法律允许范围，则可能存在法律问题。
分析说明：
公章的法律效力：
- 公章是公司对外进行法律行为的重要标识，具有法律效力。在实习协议等文件上加盖公章，通常意味着公司对该协议内容的认可和承担相应法律责任。
法人授权与签字行为：
- 法人作为公司的法律代表，有权对公司事务进行决策和管理。然而，法人并不总是亲自签署每一份文件，而是可能授权其他人员（如主任）代为签署。
- 若法人明确授权主任在特定文件上签字，且该授权行为符合公司章程和法律法规的规定，则主任的签字行为是合法的，具有与法人签字相同的法律效力。
未授权或超出授权范围的签字行为：
- 若主任未经法人明确授权，或在授权范围外签署文件，则该签字行为可能构成无权代理或越权代理，从而引发法律问题。
- 在这种情况下，公司可能不承认该签字行为的法律效力，甚至可能对主任或相关责任人进行追责。
实习协议的特殊性：
- 实习协议是大学生与公司之间就实习事宜达成的协议，涉及双方的权利和义务。因此，在签署实习协议时，应确保签署人具有合法的签署权限。
- 若实习协议上加盖了公章，但签字人未经法人授权，则该协议可能因签署程序不合法而面临被撤销或无效的风险。
法律建议：
- 对于公司：在签署实习协议等文件时，应明确签署人的权限和范围，确保签署行为合法有效。若需授权他人签署，应出具明确的授权委托书，并注明授权范围和期限。
- 对于大学生：在签署实习协议前，应仔细阅读协议内容，并确认签署人的身份和权限。若对签署人的权限有疑问，可要求公司出具相关授权证明或咨询法律专业人士。
后续行动：
- 若您作为大学生或公司方，对实习协议的签署程序或法律效力存在疑问，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。