在民事诉讼侵权排除妨害案件中，被告无法直接“撤销”原告提供的宅基证，但可通过合法程序质疑其合法性或效力，具体途径如下：

1. 申请行政复议或提起行政诉讼
   宅基证（宅基地使用权证）由行政机关颁发，属于行政确认行为。若被告认为该证件的颁发程序违法（如未经合法审批、权属存在争议未解决、四至范围错误等），可依据《行政复议法》或《行政诉讼法》，在知道该行政行为之日起60日内申请行政复议，或在6个月内直接向法院提起行政诉讼，请求撤销或确认该证件无效。
   关键点：需提供证据证明行政机关在颁证过程中存在程序违法或实体错误（如伪造材料、越权审批等），否则复议或诉讼可能被驳回。

2. 在民事诉讼中提出“证据无效”的抗辩
   若被告认为原告的宅基证存在瑕疵（如登记信息与实际不符、权属来源不合法等），可在侵权排除妨害的民事诉讼中，将宅基证作为证据提出质疑，并申请法院调取颁证档案、实地勘验或委托鉴定，以证明该证件不能作为权属依据。
   关键点：民事诉讼中法院不会直接撤销行政机关颁发的证件，但若证据被认定无效，原告的诉讼请求可能因缺乏权属基础而被驳回。

3. 通过“确权之诉”解决权属争议
   若宅基地权属存在争议（如原告与被告均主张权利），被告可依据《土地管理法》第14条，向乡镇政府或县级政府申请土地权属争议处理，或直接向法院提起“土地权属确认之诉”，请求重新确定宅基地使用权归属。若确权结果否定原告的权属，其宅基证可能因基础权属变化而被行政机关注销或变更。
   关键点：确权程序需以“权属存在争议”为前提，且需提供充分证据证明自身权利来源合法（如历史使用记录、继承文件等）。

温馨提示：

• 撤销宅基证需通过行政程序或确权程序，民事诉讼本身无法直接实现这一目的，但可作为质疑证据效力的途径。
  
• 被告应尽早收集证据（如历史档案、现场照片、证人证言等），并在法定期限内启动程序，避免因时效问题丧失权利。
  

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