宅基地侵权排除妨害案件，法院一般会根据侵权事实、证据情况及法律规定，判决侵权人停止侵害、排除妨害，并可能要求赔偿损失。具体处理方式如下：
确认侵权事实：
- 法院会首先审查双方提交的证据，包括宅基地使用权证、现场照片、视频、证人证言等，以确认是否存在侵权行为。
- 如果侵权行为明确，如未经允许在他人宅基地上建房、堆放杂物等，法院会认定侵权事实成立。
判决停止侵害与排除妨害：
- 一旦侵权事实被确认，法院会判决侵权人立即停止侵害行为，如停止建房、移除堆放的杂物等。
- 法院还会要求侵权人采取必要措施排除妨害，如拆除违法建筑、恢复宅基地原状等，以确保被侵权人的合法权益得到恢复。
考虑赔偿损失：
- 如果侵权行为给被侵权人造成了经济损失，如宅基地价值贬损、无法正常使用等，法院会根据实际情况判决侵权人赔偿相应损失。
- 赔偿范围可能包括直接损失（如修复费用）和间接损失（如因无法使用宅基地而产生的额外费用）。
执行与监督：
- 判决生效后，如果侵权人拒不履行判决义务，被侵权人可以向法院申请强制执行。
- 法院会采取相应措施，如查封、扣押、拍卖财产等，以确保判决得到有效执行。
在处理宅基地侵权排除妨害案件时，建议被侵权人注意以下几点：
- 及时收集证据：在发现侵权行为后，应尽快收集相关证据，如拍照、录像、保存证人联系方式等，以便在诉讼中证明侵权事实。
- 咨询专业律师：虽然这里我能够为你提供法律咨询，但宅基地侵权案件可能涉及复杂的法律关系和地方性法规，因此在实际操作中，建议咨询具有相关经验的律师，以便更好地维护自己的合法权益。
- 遵循法律程序：在诉讼过程中，应遵循法律程序，按时提交证据、参加庭审等，以确保案件得到公正、有效的处理。
如果你在宅基地侵权排除妨害方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。