上班早退1分钟扣全勤是否合法，需结合具体情况判断，但核心在于该规定是否经过合法程序制定、是否公平合理以及是否符合全勤奖的设立目的。以下从多个角度进行分析：
从法律规定角度：
- 我国现行法律法规并未对“早退一分钟扣全勤”作出明确规定。然而，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，并与工会或者职工代表平等协商确定。这意味着，如果“早退一分钟扣全勤”的规定未经合法程序制定，或违反了相关法律法规的精神（如排除了劳动者的合法权益），则该规定可能会被认定为无效。
从管理角度：
- 用人单位制定“早退一分钟扣全勤”的规定，可能是为了维护良好的工作秩序和纪律。但这种手段的合理性需考虑其对员工的激励效果及可能产生的负面影响。过于严格的惩罚措施可能导致员工产生抵触情绪，影响工作效率和员工士气，从而背离全勤奖设立的初衷——即激励劳动者保持良好的出勤记录，提高工作效率和积极性。
从公平角度：
- “早退一分钟扣全勤”可能对某些员工显得不够公平。不同员工的工作性质、工作内容和工作强度存在差异，一刀切的惩罚措施无法体现个体差异和公平性。此外，如果用人单位在考勤管理上存在不严谨或不合理之处（如考勤设备故障、记录错误等），也可能导致员工因非自身原因而遭受不公平的待遇。
应对建议：
- 与单位沟通：如果您认为早退一分钟就扣全勤奖的规定不合理，可以先与用人单位进行沟通，说明情况并要求调整。这是最直接且成本较低的解决方式。
- 审查规章制度：查看用人单位的规章制度是否经过合法程序制定，并是否进行了公示或告知。若发现违规之处，可向用人单位提出质疑，并要求其进行改正。
- 向劳动监察部门投诉：若与用人单位沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的规章制度进行审查，并责令其进行改正。
- 申请劳动仲裁：作为最后的救济手段，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付被扣除的全勤奖。在仲裁过程中，您需提供充分的证据来支持自己的主张，如考勤记录、与用人单位的沟通记录等。
总之，上班早退1分钟扣全勤的合法性并非绝对，而是取决于该规定是否经过合法程序制定、是否公平合理以及是否符合全勤奖的设立目的。如果您遇到类似问题，建议积极与用人单位沟通协商，并寻求合理的解决方案。如有需要，也可以直接向我咨询相关法律问题。