结论前置：上班早退一秒钟通常不应直接扣全勤和上班一小时工资，但具体是否扣以及扣多少，需依据公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规综合判断。

1. 公司规章制度与劳动合同的约定

• 规章制度：公司有权根据自身情况制定规章制度，包括考勤管理、奖惩措施等。如果规章制度中明确规定了早退的处罚措施，如早退一秒钟即扣除全勤或上班一小时工资，且该规章制度已经过民主程序制定、公示或告知员工，那么公司有权依据此规定进行处罚。但需注意，规章制度的内容必须合法合理，不能违反法律法规的强制性规定。
• 劳动合同：劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的重要文件。如果劳动合同中明确约定了早退的处罚措施，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司也有权依据劳动合同进行处罚。

2. 法律法规的考量

• 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，公司应当按照劳动合同约定和国家规定，向员工及时足额支付劳动报酬。早退一秒钟并不构成严重违反公司规章制度或劳动合同约定的行为，因此直接扣除全勤和上班一小时工资可能缺乏法律依据。
• 合理性原则：即使公司规章制度或劳动合同中有关于早退的处罚规定，也应遵循合理性原则。早退一秒钟与扣除全勤和上班一小时工资之间显然存在不合理的比例关系，这种处罚措施可能被视为过于严苛或不公平。

3. 实际操作建议

• 沟通协商：如果公司依据规章制度或劳动合同对员工进行了处罚，员工认为处罚过重或不合理，可以与公司进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
• 申请劳动仲裁：如果沟通协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司撤销不合理的处罚决定或赔偿因此造成的损失。

4. 可能的法律后果

• 公司败诉风险：如果公司因早退一秒钟而扣除员工全勤和上班一小时工资的行为被认定为违法或不合理，公司可能面临败诉风险，需要承担相应的法律责任，如支付被扣除的工资、赔偿员工因此造成的损失等。
• 员工权益保护：员工在面对公司的不合理处罚时，应积极维护自己的合法权益，通过合法途径寻求救济。

举例说明：假设某公司规章制度中规定“早退超过5分钟扣除当天全勤”，而某员工仅早退一秒钟，公司却依据该规定扣除了员工的全勤和上班一小时工资。这种情况下，公司的处罚措施显然过于严苛，员工有权与公司沟通协商或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结与建议：上班早退一秒钟通常不应直接扣全勤和上班一小时工资。公司在制定规章制度和劳动合同约定时，应遵循合法、合理、公平的原则。员工在面对公司的不合理处罚时，应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。