公司实行单双休制度后扣除底薪是否合法，需分情况讨论：
若劳动合同或规章制度中明确约定了单双休制度及薪资构成，且扣除底薪符合约定：
- 在这种情况下，公司扣除底薪的行为可能是合法的。因为双方已经在劳动合同或规章制度中明确约定了薪资的构成和支付方式，包括在单双休制度下如何调整薪资。只要这种约定不违反法律法规的强制性规定，且员工在签订劳动合同时已经知晓并同意，那么公司按照约定扣除底薪就是合法的。
若劳动合同或规章制度中未明确约定单双休制度及薪资构成，或扣除底薪违反约定：
- 在这种情况下，公司扣除底薪的行为很可能是不合法的。根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司未经员工同意，擅自改变薪资支付方式或扣除底薪，就违反了劳动法的规定。员工有权要求公司补发被扣除的底薪，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
进一步分析：
- 薪资构成的合法性：薪资构成应当明确、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。如果公司试图通过单双休制度来变相降低员工的薪资水平，这种做法是不合法的。员工有权要求公司按照劳动合同或规章制度中的约定支付薪资。
- 员工权益的保护：员工在面对公司扣除底薪的情况时，应当首先查看自己的劳动合同和规章制度，了解自己的权益和义务。如果认为公司的行为侵犯了自己的合法权益，可以与公司进行协商，要求公司补发被扣除的底薪。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
建议：
- 对于公司：在实行单双休制度或调整薪资构成时，应当与员工进行充分的沟通和协商，确保双方的权益得到保障。同时，公司应当制定合法、合理的规章制度，并明确告知员工，以避免不必要的法律纠纷。
- 对于员工：在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，了解自己的权益和义务。如果发现公司存在违法行为或侵犯自己权益的情况，应当及时与公司进行沟通协商，并寻求法律援助或投诉渠道来维护自己的合法权益。
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