结论：在公司拿回扣但已离开公司三年，是否还有影响取决于多个因素，包括回扣行为的性质、是否被发现、是否构成犯罪以及追诉时效等。以下从不同角度进行分析：

一、回扣行为的性质与法律后果

1. 民事法律后果：

   • 如果回扣行为违反了公司的规章制度或劳动合同中的廉洁条款，公司有权依据内部规定对你进行处罚，如解除劳动合同、要求赔偿损失等。但这一后果通常在公司发现并处理时即已产生，与是否离开公司三年关系不大，除非公司之前未发现且现在仍在追责期限内（这通常取决于公司内部规定）。

2. 刑事法律后果：

   • 如果回扣行为构成犯罪，如非国家工作人员受贿罪，那么将面临刑事追责。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非国家工作人员受贿罪的追诉时效通常为五年（具体根据犯罪情节和法定刑幅度确定）。因此，如果离开公司三年内该行为被发现并立案，仍然可能面临刑事追责。

二、追诉时效的考虑

• 追诉时效是指刑事法律规定的，对犯罪人进行刑事追究的有效期限。在此期限内，司法机关有权对犯罪人进行追诉；超过此期限，除非特定情况（如案件已进入审判阶段、犯罪人逃避侦查或审判等），否则不再追诉。
• 对于非国家工作人员受贿罪，如果犯罪情节较轻，法定刑为三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金，那么追诉时效为五年。如果离开公司已满三年，但尚未超过五年，且该行为被发现并立案，仍然可能面临刑事追责。如果已超过五年，则通常不再追诉。

三、实际影响与建议

1. 实际影响：

   • 如果回扣行为未被发现或未构成犯罪，那么离开公司三年后，该行为通常不会对你产生直接的法律影响。
   • 如果回扣行为被发现或构成犯罪，且仍在追诉时效内，那么你可能面临公司的民事追责或司法机关的刑事追责。

2. 建议：

   • 主动了解情况：如果你担心之前的回扣行为可能被发现或构成犯罪，可以主动向公司或相关司法机关了解情况，以便及时应对。
   • 咨询专业律师：如果你面临民事或刑事追责的风险，建议咨询专业律师，了解你的法律权利和义务，以及可能的法律后果和应对策略。
   • 遵守法律法规：无论过去的行为如何，都应遵守当前的法律法规，避免再次陷入类似的法律风险。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。