教师自然流产假期通常不应扣工资。以下从法律依据、实际操作注意事项两个角度进行详细分析：

法律依据

1. 《女职工劳动保护特别规定》第七条：

   • 女职工怀孕未满4个月流产的，享受15天产假；
   • 怀孕满4个月流产的，享受42天产假。
   • 产假期间，工资照发。这是明确规定女职工在流产假期内应享受的工资待遇，学校作为用人单位，应当遵守这一规定。

2. 《中华人民共和国劳动法》第五十一条：

   • 劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。
   • 虽然此条未直接提及流产假，但流产假作为女职工的法定权益之一，其性质与上述假期类似，应视为带薪假期。因此，教师在流产假期内，学校也应依法支付工资。

3. 地方政策：

   • 部分地区（如上海）明确规定，女职工流产时享受的产假工资由生育保险基金或单位支付，具体标准根据当地政策执行。这意味着，在地方政策有明确规定的情况下，教师应按照当地政策享受产假工资待遇。

实际操作中的注意事项

1. 及时通知学校并提交证明：

   • 教师在流产后，应及时向学校提交医疗机构的诊断证明或其他相关材料，以便学校核实并安排休假事宜。这是教师享受流产假期和工资待遇的前提条件。

2. 了解学校具体规定：

   • 不同学校可能有不同的内部管理制度和流程，教师应提前了解并遵守相关规定。例如，有些学校可能要求教师提前申请流产假期，并填写相关表格；有些学校则可能要求教师提供特定的医疗证明文件。

3. 保留相关证据：

   • 如遇到工资被扣除的情况，教师应保留好相关证据（如医疗证明、请假申请、工资单等），以便通过法律途径维护自己的合法权益。这些证据将有助于教师证明自己符合享受流产假期和工资待遇的条件，以及学校存在违法行为的事实。

总结与建议：

教师在自然流产假期内，通常不应被扣除工资。这是基于明确的法律依据和地方政策的规定。然而，在实际操作中，教师也需要注意及时通知学校并提交证明、了解学校具体规定以及保留相关证据等事项。如果遇到工资被扣除的情况，教师应及时咨询专业律师（即向我咨询），了解自己的权益和维权途径，以便通过法律手段维护自己的合法权益。