结论前置：在劳动合同约定标准工时制的情况下，实际实行大小周休息（即部分周末上班），是否算作加班并需支付加班费，主要取决于是否满足以下条件：一是是否经过与劳动者的协商；二是是否依法支付了加班费或安排了调休；三是是否符合《劳动法》及相关法律法规的规定。
合法性分析
合同约定与协商
- 劳动合同中若明确规定了实行标准工时制，而实际工作中实行大小周休息，这一安排若未经与劳动者协商一致，则可能违反劳动合同的约定。但即便合同中有此约定，若未经协商，用人单位单方面改变工作休息制度，也可能构成违约。
- 关键点：大小周休息制度是否经过与劳动者的充分协商，并达成一致意见。
加班费与调休
- 若大小周休息制度中，周末上班的部分被视为加班，则用人单位应依法支付加班费或安排调休。根据《劳动法》的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 加班费计算公式：
$\( \text{加班费} = \text{日工资} \times 200\% \times \text{加班天数} \)$
其中，日工资通常按照月工资除以月计薪天数（一般按21.75天计算）来得出。
- 调休安排：若用人单位能够安排劳动者在其他时间补休，则可以不支付加班费。但调休应确保劳动者有足够的休息时间，且不得违反法律法规关于工作时间和休息休假的规定。
法律法规的遵循
- 用人单位应保证劳动者每周至少休息一日，这是《劳动法》的明确规定。大小周休息制度若导致劳动者连续多周无法获得完整的休息日，则可能违反这一规定。
- 若因生产特点不能实行标准工时制的，需经劳动行政部门批准，方可实行其他工作和休息办法。但大小周休息制度通常不被视为需要特殊批准的工作和休息办法。
劳动者权益保护建议
- 仔细审查合同条款：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于工作时间、休息休假和加班报酬的约定，确保自身权益不受侵害。
- 协商与维权：
- 若用人单位要求实行大小周休息制度，劳动者有权要求支付加班费或安排补休。
- 如遇违法行为，劳动者首先应与用人单位沟通协商，要求其改正并支付相应加班费或安排调休。
- 协商不成时，可向当地劳动监察部门投诉，提交相关证据，由劳动监察部门进行调查和处理。
- 劳动者还可直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不满意的，可在规定期限内向人民法院提起诉讼。
具体情形分析
- 情形一：若大小周休息制度已经过与劳动者的协商，且用人单位依法支付了加班费或安排了调休，则该制度合法，劳动者无权要求额外补偿。
- 情形二：若大小周休息制度未经与劳动者协商，或用人单位未依法支付加班费、未安排调休，则该制度违法，劳动者有权要求用人单位改正并支付相应补偿。
综上所述，劳动合同约定标准工时制下实际实行大小周休息是否算作加班并需支付加班费，需综合考虑合同约定、协商情况、加班费支付或调休安排以及法律法规的遵循等多个因素。劳动者应充分了解自己的权益，并在必要时采取适当措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。