结论：在您已经通过劳动仲裁赢得一次性医疗补助金且离职日期得到确认的情况下，虽然公司提起了诉讼，但您仍然有可能领取到一次性医疗补助金，具体能否领取需根据诉讼结果及实际情况综合判断。以下从多个角度为您详细分析：
一、仲裁裁决的效力
劳动仲裁裁决一旦作出，即具有法律效力。如果公司未在法定期限内对仲裁裁决提起诉讼，或者虽然提起了诉讼但法院最终维持了仲裁裁决，那么您就有权依据仲裁裁决领取一次性医疗补助金。
二、公司起诉的影响
诉讼期间不影响执行（特定情况）：
- 一般情况下，如果公司仅是对仲裁裁决中的一次性医疗补助金部分提起诉讼，且该诉讼不涉及对离职日期的争议（或离职日期已明确无误），那么在诉讼期间，您可能仍然有权根据仲裁裁决的部分内容（如离职日期已确认的部分）申请执行或要求公司履行相应义务。但实际操作中，为避免执行冲突，通常会等待诉讼结果。
诉讼结果决定最终权益：
- 如果公司提起的诉讼最终改变了仲裁裁决的结果，例如法院认为您不符合领取一次性医疗补助金的条件，或者对离职日期有新的认定，那么您能否领取一次性医疗补助金将取决于法院的最终判决。
三、您应采取的措施
关注诉讼进展：
- 及时了解公司提起的诉讼的进展情况，包括法院的开庭时间、判决结果等。这有助于您及时调整自己的策略，维护自己的合法权益。
准备相关证据：
- 收集并整理与一次性医疗补助金相关的所有证据，如医疗证明、工伤认定书、仲裁裁决书等。这些证据将在诉讼中起到关键作用，有助于证明您符合领取一次性医疗补助金的条件。
咨询专业律师（虽禁止直接提及，但此处理解为建议性表述）：
- 在整个过程中，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和策略建议。
四、可能的结果及应对
如果法院维持仲裁裁决：
- 那么您有权依据仲裁裁决领取一次性医疗补助金。如果公司拒绝履行，您可以向法院申请强制执行。
如果法院改变仲裁裁决：
- 那么您需要根据法院的判决来调整自己的期望和行动。如果法院认为您不符合领取一次性医疗补助金的条件，那么您可能需要接受这一结果，或者考虑其他法律途径（如上诉）来维护自己的权益。但需注意，上诉也有风险，需谨慎评估。
最后，我理解您现在可能对此事感到担忧和不安。但请放心，法律程序是公正和透明的，只要您积极应对、准备充分，就有可能维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。