工厂发工资发一半现金、打一半到卡上这一行为本身不一定直接表明工厂有问题，但可能存在一些潜在的风险和合规性问题，需要分情况讨论：
一、合法合规的情况
双方协商一致：如果工厂与员工在劳动合同中明确约定了工资支付方式为部分现金、部分转账，并且这种支付方式得到了员工的明确同意，那么这种支付方式在法律上是允许的。因为根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资支付方式可以由用人单位与劳动者协商确定。
特殊支付需求：在某些特殊情况下，如员工因个人原因（如没有银行账户、需要现金用于特定用途等）要求部分工资以现金形式支付，工厂在核实情况后，也可以采取部分现金、部分转账的方式支付工资。
二、可能存在的问题
逃避税务监管：如果工厂采取部分现金、部分转账的方式支付工资，是为了逃避税务监管，如少报、瞒报工资总额以减少企业所得税、个人所得税等税费的缴纳，那么这种行为就是违法的。税务部门有权对工厂的税务情况进行检查，一旦发现违法行为，将依法进行处罚。
违反工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》，工资应当以法定货币支付，不得以实物及有价证券替代货币支付。虽然该规定并未明确禁止部分现金、部分转账的支付方式，但如果工厂以此方式规避对工资支付的其他规定（如工资支付记录、工资条等），或者存在其他违法行为（如拖欠工资、克扣工资等），那么这种支付方式就可能成为问题的一部分。
员工权益受损风险：如果工厂采取部分现金、部分转账的方式支付工资，但未明确告知员工或未在劳动合同中约定，可能导致员工对工资支付情况产生误解或争议。此外，如果工厂在支付现金部分时未留下有效凭证，员工在后续维权时可能面临举证困难的问题。
三、建议与措施
明确约定支付方式：工厂在与员工签订劳动合同时，应明确约定工资支付方式、支付时间、支付金额等关键条款，避免后续产生争议。
保留支付凭证：无论是现金支付还是转账支付，工厂都应保留有效的支付凭证，如现金收据、银行转账记录等，以备后续查验和维权之需。
遵守税务规定：工厂应依法纳税，不得采取任何逃避税务监管的行为。如果确实需要采取部分现金、部分转账的支付方式，应确保税务申报的准确性和完整性。
关注员工权益：工厂应关注员工的合法权益，确保工资支付的透明度和公正性。如果员工对工资支付情况有疑问或争议，工厂应积极与员工沟通协商，寻求妥善解决方案。
如果您对工厂的工资支付方式存在疑问或担忧，或者认为自己的权益受到了侵害，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。