工资一半打卡一半发现金这种支付方式本身并不直接违法，但其合法性取决于具体操作是否符合税务、社保及劳动法等相关规定。以下是对此问题的详细分析：
合法合规的情况
企业管理与员工需求：
- 企业可能因管理需要或员工特殊需求（如无银行卡、银行卡使用受限等），在履行了纳税申报、社保缴纳等法定义务后，采取部分现金支付的方式。这种方式既满足了企业的灵活管理需求，也照顾到了员工的实际需求。
法定货币支付：
- 无论是银行卡支付还是现金支付，均属于按法定货币支付工资，不违反法律规定。关键在于确保所有支付的工资都如实入账，并依法纳税。
存在违法风险的情况
税务问题：
- 逃税风险：若企业利用现金支付部分隐瞒实际收入，少申报、少缴纳税款，则构成偷税漏税行为，将面临税务部门的处罚。例如，如果企业实际支付给员工的工资总额为10000元，但只通过银行转账支付了5000元，并申报了这5000元的个人所得税，而另外5000元以现金形式支付且未申报，这就构成了逃税。
- 凭证缺失：现金支付若无完善签收记录等凭证，可能导致税务检查时无法证明费用的真实性和合理性，进而引发税务调整和处罚。
社保问题：
- 缴费基数不实：社保缴费基数应基于员工工资总额确定。若企业仅按打卡部分计算社保缴费基数，低于实际工资水平，则违反了《社会保险法》规定，可能面临社保部门的追缴和处罚。例如，如果员工的实际工资为10000元，但企业只按5000元的打卡工资作为社保缴费基数，这就构成了缴费基数不实。
劳动纠纷风险：
- 支付证据问题：在劳动纠纷中，现金支付部分若缺乏有效证明，可能给员工带来证明工资实际发放金额的困难，影响合法权益维护。同时，企业也可能因缺乏完善记录而在劳动争议中处于不利地位。
总结与建议
- 法律风险：混合支付方式易引发税务稽查风险，同时可能被认定为规避社保缴费基数或逃避监管的行为。
- 管理建议：
- 优先银行转账：企业应优先通过银行转账支付工资，确保资金流向可追溯，减少法律风险和纠纷的发生。
- 完善现金支付记录：确需现金支付的部分，必须保留完整签收记录和原始凭证，以应对可能的税务检查和劳动争议。
- 依法履行义务：企业应依法履行纳税义务，完善财务和税务管理，确保所有支付的工资都如实入账并依法纳税。
如果您在工资支付方面遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。