企业非法侵占员工承包款是违法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律背景与依据
《中华人民共和国劳动法》的相关规定：
- 根据《劳动法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利。员工承包企业部分业务或项目后，其应得的承包款属于劳动报酬的一种形式。企业非法侵占这部分款项，直接侵犯了员工的劳动报酬权。
《中华人民共和国合同法》（现《中华人民共和国民法典》合同编）的相关规定：
- 如果员工与企业之间签订了承包合同，明确了双方的权利和义务，包括承包款的支付方式和时间等，那么企业非法侵占承包款就构成了违约行为。根据《民法典》合同编的规定，违约方应当承担违约责任，包括赔偿损失等。
二、非法侵占承包款的法律后果
民事责任：
- 企业非法侵占员工承包款，员工有权要求企业返还被侵占的款项，并可能要求企业支付因侵占行为造成的损失赔偿，如利息损失、维权费用等。
行政责任：
- 如果企业的侵占行为违反了相关行政法规，如《劳动保障监察条例》等，劳动保障行政部门有权对企业进行行政处罚，包括罚款、责令改正等。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果企业的侵占行为构成犯罪，如职务侵占罪等，企业相关责任人员可能面临刑事追究，包括有期徒刑、罚金等刑罚。
三、员工应对措施与建议
收集证据：
- 员工应首先收集与承包款相关的所有证据，包括承包合同、付款记录、沟通记录等，以证明企业存在非法侵占行为。
协商解决：
- 在证据充分的情况下，员工可以尝试与企业进行协商，要求企业返还被侵占的款项并赔偿损失。协商过程中，员工可以寻求工会或第三方调解机构的帮助。
法律途径：
- 如果协商无果，员工可以向劳动保障行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业承担相应的法律责任。在必要时，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，企业非法侵占员工承包款是违法的，员工有权要求企业返还被侵占的款项并赔偿损失。在处理此类纠纷时，员工应收集充分证据，并尝试通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。