结论前置：非公司合伙人侵占合伙人工程款本金的行为，在多数情况下是违法的，可能构成侵占罪或职务侵占罪（如果符合该罪构成要件），同时也可能涉及民事侵权责任。

1. 刑事违法性分析：

• 侵占罪：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，侵占罪是指以非法占有为目的，将他人的交给自己保管的财物、遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交还的行为。如果非公司合伙人以非法占有为目的，侵占了其他合伙人的工程款本金，且数额较大，拒不归还，那么该行为可能构成侵占罪。

• 职务侵占罪：虽然非公司合伙人通常不被视为公司员工，但如果其在合伙事务中担任了类似管理、经手的职务，并利用这一职务上的便利，将工程款本金非法占为己有，数额较大，那么该行为在符合职务侵占罪其他构成要件的情况下，也可能被认定为职务侵占罪。不过，这一认定需要具体分析其职务性质、行为方式等要素。

2. 民事违法性分析：

• 民事侵权责任：无论是否构成刑事犯罪，非公司合伙人侵占工程款本金的行为都可能构成对其他合伙人的民事侵权。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合伙人应当按照约定履行出资义务，并共同管理合伙事务。非公司合伙人侵占工程款本金，违反了合伙协议的约定，也损害了其他合伙人的合法权益，因此应当承担民事侵权责任，包括返还侵占的款项、赔偿损失等。

3. 实际案例与法律适用：

• 在实际案例中，法院会根据具体事实、证据以及相关法律法规来综合判断非公司合伙人的行为是否构成犯罪或民事侵权。例如，如果非公司合伙人能够证明其侵占行为是基于合伙协议的约定或得到了其他合伙人的同意，那么可能不构成犯罪或民事侵权。然而，在大多数情况下，非公司合伙人侵占工程款本金的行为都是缺乏合法依据的，因此很可能被认定为违法。

4. 建议与措施：

• 如果您作为合伙人发现非公司合伙人侵占了工程款本金，首先应当收集相关证据，如转账记录、合同、合伙协议等，以证明侵占行为的存在和数额。
• 其次，您可以尝试与非公司合伙人进行协商，要求其返还侵占的款项并赔偿损失。如果协商无果，您可以考虑向法院提起诉讼或向公安机关报案，以维护自己的合法权益。

5. 注意事项：

• 在处理此类纠纷时，建议您咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保护。律师可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
• 同时，您也应当注意保留好所有相关证据和文件，以便在需要时提供证明。

如果您有任何关于公司法务或股权转让领域的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业、全面的法律建议。