公司规章制度在员工离职申请后但还在公司任职期间制定，其有效性需分情况讨论，具体如下：
- 规章制度内容合法且程序合规时，通常有效
公司规章制度若内容合法，未违反法律法规的强制性规定，且制定程序符合民主程序（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），并已向劳动者公示或告知，那么该规章制度在员工离职申请后但仍在公司任职期间是有效的。这意味着，规章制度对员工在该期间的行为具有约束力，员工需遵守相关规定。
规章制度内容或程序存在瑕疵时，可能无效或部分无效
- 内容违法：若规章制度的内容违反了法律法规的强制性规定，如限制员工的基本权利、设定不合理的处罚条款等，那么该部分内容将被视为无效。
- 程序不合法：若规章制度的制定未经过民主程序，或未向劳动者公示或告知，那么该规章制度对员工不产生法律效力。员工可以主张该规章制度对其不适用。
规章制度对员工离职申请后的特定行为无约束力的情况
- 规章制度未明确规定：若规章制度中未明确规定员工在离职申请后但仍在公司任职期间的行为规范，那么员工在该期间的行为将不受该规章制度的约束。
- 规章制度变更未通知：若公司在员工提出离职申请后变更了规章制度，但未及时通知员工或未获得员工的同意，那么新的规章制度对员工在该期间的行为不产生法律效力。
法律建议：
- 对于公司：在制定或变更规章制度时，应确保内容合法、程序合规，并及时向员工公示或告知。特别是在员工提出离职申请后，若需变更规章制度，应与员工进行充分沟通，确保员工了解并同意新的规章制度。
- 对于员工：在提出离职申请后，仍应遵守公司现有的合法有效的规章制度。若公司变更了规章制度，员工有权要求公司出示变更后的规章制度，并了解其内容。若认为规章制度存在违法或不合理之处，可以向公司提出异议或寻求法律援助。
可能法律后果：
- 若公司规章制度合法有效，员工违反规定可能面临公司的处罚，如警告、罚款、解除劳动合同等。
- 若公司规章制度存在瑕疵或无效，员工违反规定可能不受处罚，或公司因此遭受的损失可能无法得到法律支持。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。