结论：房屋交付后未及时办理不动产登记，开发商直接办理房屋的不动产登记是否合法，需分情况讨论。一般来说，若购房合同中有明确约定开发商可代为办理不动产登记，且开发商按照约定程序办理，则合法；若合同无此约定或开发商未遵循约定程序，则可能不合法。
分析说明：
合同有约定的情况：
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，民事主体之间可以依法设立、变更、终止民事法律关系。购房合同作为双方民事法律关系的体现，若其中明确约定了开发商在房屋交付后有权代为办理不动产登记，且购房者对此表示同意，则开发商的行为具有合同依据。
- 合法性判断：在此情况下，开发商按照合同约定的程序和要求办理不动产登记，是履行合同义务的行为，因此是合法的。购房者应当配合开发商提供必要的资料和协助，以便顺利完成不动产登记。
合同无约定或开发商未遵循约定程序的情况：
- 法律依据：同样根据《民法典》，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿、公平、诚信等原则。若购房合同中未明确约定开发商可代为办理不动产登记，或开发商未按照合同约定的程序和要求办理，则可能构成对购房者权益的侵害。
- 合法性判断：在此情况下，开发商直接办理不动产登记可能缺乏合法依据。购房者有权要求开发商停止此类行为，并自行或委托他人办理不动产登记。若开发商的行为给购房者造成了损失，购房者还有权要求开发商承担相应的赔偿责任。
特殊场景：
- 购房者未及时办理不动产登记的原因：若购房者因自身原因（如资料不全、未按时缴纳相关费用等）未能及时办理不动产登记，而开发商在合同约定的期限内或合理期限内提醒并协助购房者办理，但购房者仍未办理的，开发商在符合相关法律法规和合同约定的前提下，可能有权代为办理。但这一行为仍需以合同约定为前提，并确保不损害购房者的合法权益。
行动建议：
- 购房者：在签订购房合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于不动产登记的部分。若合同中有开发商代为办理不动产登记的约定，应明确了解相关程序和要求，并保留好相关证据。若开发商未经同意直接办理不动产登记，购房者应及时与开发商沟通协商，必要时可寻求法律帮助。
- 开发商：在代为办理不动产登记前，应确保与购房者有明确的合同约定，并严格按照约定程序和要求办理。同时，应尊重购房者的意愿和选择，不得擅自代为办理或侵犯购房者的合法权益。
法律后果：
- 若开发商未经购房者同意直接办理不动产登记，且购房者因此遭受损失的，购房者有权要求开发商承担赔偿责任。赔偿范围可能包括购房者因无法及时办理不动产登记而产生的额外费用、利息损失以及因房屋权属问题可能引发的其他损失等。
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