结论：公司对开叉车员工实行扣分制，并在扣完12分后解除劳动合同是否合法，需根据具体情况判断，若规章制度合法且员工确实存在严重违反规章制度的行为，则合法；反之，则不合法。以下从不同角度进行分析：
一、规章制度合法性角度
规章制度制定程序合法性：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司未按照上述程序制定扣分制规章制度，则该制度可能因程序违法而无效，公司依据此制度解除劳动合同的行为也将不合法。
规章制度内容合法性：
- 规章制度的内容应当符合法律法规的规定，不得侵犯劳动者的合法权益。
- 若扣分制规章制度中规定的扣分事项与劳动者的实际工作表现、工作能力等无直接关联，或者扣分标准过于严苛、不合理，导致劳动者在正常工作情况下难以避免被扣分，则该制度可能因内容违法而无效。
二、员工行为严重性角度
员工是否存在严重违反规章制度的行为：
- 即使规章制度合法，公司也需证明员工确实存在严重违反规章制度的行为，且该行为达到了扣分制中规定的解除劳动合同的条件。
- 若员工仅因轻微违规或非故意行为被扣分，且未达到解除劳动合同的严重程度，则公司依据扣分制解除劳动合同的行为可能不合法。
解除劳动合同的合理性：
- 公司在解除劳动合同时，应充分考虑员工的违规行为的性质、情节、后果以及员工的个人情况等因素，确保解除劳动合同的决定合理、公正。
- 若公司未充分考虑上述因素，仅因员工扣分达到一定标准就解除劳动合同，可能构成违法解除。
三、实际操作建议
对于公司：
- 确保扣分制规章制度的制定程序合法、内容合理，并明确告知员工。
- 在解除劳动合同时，应充分收集证据证明员工存在严重违反规章制度的行为，并确保解除决定合理、公正。
对于员工：
- 若认为公司的扣分制规章制度不合法或公司解除劳动合同的行为不合法，可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁，维护自己的合法权益。
- 在日常工作中，应遵守公司的规章制度，避免违规行为的发生。
举例说明：假设公司制定的扣分制规章制度中规定，员工因操作不当导致叉车损坏或发生安全事故的，每次扣5分；员工因迟到、早退等轻微违规行为每次扣1分。若某员工因操作不当导致叉车损坏一次，被扣5分，后因迟到两次被扣2分，累计扣分达到7分，未达到12分的解除劳动合同标准。此时，公司若以此为由解除劳动合同，则可能因缺乏合法依据而不合法。反之，若该员工因多次严重违规行为累计扣分达到12分，且公司能够证明其违规行为的严重性，则公司解除劳动合同的行为可能合法。
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