结论前置：不予认定工伤的情况下，停工期工资问题依然可以通过劳动仲裁来解决。
详细分析：
工伤认定与停工期工资的关系：
- 工伤认定是确定员工是否因工作原因受到伤害，并享受相应工伤保险待遇的前提。但工伤认定并非解决所有与工作相关伤害问题的唯一途径。
- 停工期工资，即员工因工作受伤或患病而暂时无法工作期间，应获得的工资报酬。这通常与工伤认定相关联，但并非完全依赖于工伤认定结果。
不予认定工伤时的停工期工资处理：
- 如果员工受伤或患病，但未被认定为工伤，这并不意味着员工就无法获得停工期工资。员工仍有权根据劳动合同、公司规章制度或相关法律法规，要求公司支付停工期工资。
- 在实际操作中，如果公司拒绝支付停工期工资，员工可以通过劳动仲裁来维护自己的权益。劳动仲裁是一种解决劳动争议的有效方式，它可以帮助员工与公司之间就争议问题进行公正、公平的裁决。
劳动仲裁的流程与要点：
- 提交仲裁申请：员工需要向当地劳动仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料，如劳动合同、工资单、医疗证明等。
- 仲裁受理：劳动仲裁委员会在收到申请后，会进行审查，并决定是否受理。如果受理，会通知双方当事人进行仲裁准备。
- 仲裁开庭：在仲裁开庭时，双方当事人需要就争议问题进行陈述、举证和辩论。仲裁庭会根据双方当事人的陈述和证据，进行裁决。
- 裁决执行：如果仲裁庭裁决公司需要支付停工期工资，但公司拒绝执行，员工可以向法院申请强制执行。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，员工与公司之间因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，属于劳动争议范畴，可以通过劳动仲裁来解决。
- 同时，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工在患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的，用人单位不得解除劳动合同，并应当按照国家规定支付病假工资或者疾病救济费。这为员工在未被认定为工伤时，要求公司支付停工期工资提供了法律依据。
建议与提醒：
- 如果您遇到不予认定工伤但公司拒绝支付停工期工资的情况，建议您及时收集相关证据材料，并向当地劳动仲裁委员会提交仲裁申请。
- 在仲裁过程中，您需要充分陈述自己的诉求和理由，并提供充分的证据来支持自己的主张。
- 如果您对劳动仲裁流程或相关法律法规不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分维护。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。