用人单位直接管理但由劳务公司发工资这一行为，本身并不直接构成违法，但需满足一定条件且不能违反其他相关法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、合法性分析
劳务派遣的合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条，劳务派遣单位是用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务，包括签订劳动合同、支付工资等。
- 若用人单位与劳务公司签订了劳务派遣协议，且该协议符合法律规定，劳务公司作为派遣单位负责支付工资，而用人单位负责实际用工管理，这种安排在法律上是允许的。
工资支付主体的合法性：
- 工资支付主体通常是用人单位，但在劳务派遣关系中，劳务公司作为用人单位，有义务直接向劳动者支付工资。
- 用人单位直接管理劳动者的工作，但工资由劳务公司支付，这并不违反工资支付的直接性原则，因为劳务公司作为法律上的用人单位，承担了支付工资的责任。
二、潜在违法风险及注意事项
劳务派遣协议的合法性：
- 劳务派遣协议必须明确双方的权利和义务，包括工资支付、社会保险缴纳等。
- 若协议内容违法或未明确约定，可能导致劳务公司或用人单位承担法律责任。
同工同酬原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第六十三条，被派遣劳动者享有与用工单位的劳动者同工同酬的权利。
- 用人单位若因劳务派遣而降低劳动者工资待遇，可能违反同工同酬原则，从而构成违法。
社会保险缴纳：
- 劳务公司作为用人单位，有义务为劳动者缴纳社会保险。
- 若劳务公司未依法缴纳社会保险，劳动者有权要求劳务公司补缴，并可能因此引发劳动争议。
实际用工管理中的合规性：
- 用人单位在管理劳动者时，必须遵守劳动法律法规，如提供劳动保护、保障劳动者休息休假权利等。
- 若用人单位在管理过程中存在违法行为，如强迫劳动、拖欠工资（尽管工资由劳务公司支付，但用人单位若实际控制工资发放且未按时支付给劳务公司，也可能间接导致拖欠）等，将承担相应的法律责任。
三、建议
明确劳务派遣协议内容：
- 用人单位与劳务公司应签订详细的劳务派遣协议，明确双方的权利和义务，特别是工资支付、社会保险缴纳等关键条款。
遵守同工同酬原则：
- 用人单位应确保被派遣劳动者享有与用工单位劳动者同工同酬的权利，避免因此引发劳动争议。
加强合规管理：
- 用人单位在管理劳动者时，应严格遵守劳动法律法规，提供必要的劳动保护，保障劳动者合法权益。
及时沟通与协商：
- 若在劳务派遣过程中出现任何问题或争议，用人单位与劳务公司应及时沟通与协商，共同寻求解决方案。
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